股权代持关系的认定是一个涉及多方面因素的复杂过程，法院在认定时会综合考虑以下几个关键点：

一、书面代持协议的存在与合法性

首先，书面代持协议是认定股权代持关系最直接、最有力的证据。这份协议应详细记载委托人和受托人之间的代持关系、双方的权利义务、代持股权的数量、代持期限以及投资权益的归属等核心信息。同时，该协议必须合法有效，不能违反法律法规的强制性规定，如以合法形式掩盖非法目的等，否则即使协议存在，也不能作为认定股权代持的依据。

二、实际出资的证明材料

实际出资人需要通过银行转账记录、出资证明书等文件，来证明其确实履行了对目标公司的出资义务。这些转账记录应清晰显示资金从实际出资人账户流向目标公司或相关第三方账户，并明确标注该资金用于对目标公司的出资。此外，在确认资金性质为出资时，还需结合其他证据进行甄别，如委托投资协议、共同投资协议等，以确保资金的出资性质。

三、股东权利的实际行使情况

实际出资人若通过幕后指示等方式参与公司决策、管理等事务，如参加股东会、行使表决权、参与公司利润分配等，这些行为可作为认定代持关系的辅助证据。同时，公司其他股东对实际出资人与名义股东之间代持关系的知晓与认可，也是认定代持关系的重要因素。

四、工商登记与实际情况的对比

工商登记信息显示的股东与实际行使股东权利、承担股东义务的主体不一致，可能是股权代持的表象。但单纯的工商登记差异并不能直接认定股权代持，还需结合代持协议、实际出资情况等其他证据进行综合判断。

五、法律规定的支持

根据《公司法》及相关司法解释，对于有限责任公司的股权代持，只要代持协议无法律规定的无效情形，人民法院应当认定该合同有效。实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。这为股权代持关系的认定提供了明确的法律依据。

综上所述，股权代持关系的认定需要综合考虑书面代持协议、实际出资情况、股东权利行使、公司其他股东态度以及法律规定等多方面因素。法院在司法实践中会全面、综合地审查判断，以确保认定的准确性和公正性。