在一般情况下，原告起诉而被告反诉，若法院未对反诉进行立案而直接合并审理，这种做法并不符合常规的诉讼程序，可能构成违法或程序瑕疵，但具体是否违法需结合实际情况判断。以下从几个方面进行详细分析：

1. 反诉的立案程序：

   • 反诉作为独立的诉讼请求，应当遵循与本诉相同的立案程序。被告提出反诉后，法院需要对反诉进行审查，确认其是否符合立案条件，如是否属于法院管辖范围、是否有明确的被告和诉讼请求、是否有事实和法律依据等。
   • 若反诉符合立案条件，法院应当予以立案，并通知被告缴纳反诉费用。只有立案后，反诉才能成为诉讼程序的一部分，与本诉合并审理。

2. 合并审理的条件：

   • 合并审理通常发生在本诉和反诉之间存在法律上的牵连关系，如基于同一法律关系或同一事实而产生的争议。
   • 即使本诉和反诉存在牵连关系，法院也需要在分别立案的基础上，根据案件的具体情况和审理需要，决定是否合并审理。

3. 未立案直接合并审理的违法性：

   • 如果法院未对反诉进行立案审查，而直接将其与本诉合并审理，这可能违反了诉讼程序的规定。因为反诉作为独立的诉讼请求，必须经过立案程序才能成为诉讼的一部分。
   • 未立案直接合并审理可能导致反诉的诉讼请求未得到充分的审查和确认，从而损害被告的合法权益。同时，这也可能影响法院对案件的公正、高效审理。

4. 可能的法律后果：

   • 如果法院未立案直接合并审理反诉，被告可以提出异议，要求法院对反诉进行立案审查。
   • 若法院坚持不立案而直接审理，被告可以在上诉或申诉时指出这一程序瑕疵，作为撤销原判决或发回重审的理由之一。

5. 实际操作中的建议：

   • 作为被告，在提出反诉时，应确保反诉的诉讼请求明确、具体，并附有相关证据材料。
   • 若法院未对反诉进行立案而直接合并审理，被告应及时向法院提出书面异议，要求法院对反诉进行立案审查。
   • 在整个诉讼过程中，被告应密切关注案件的进展情况，确保自己的合法权益得到充分保障。

总结来说，虽然合并审理本诉和反诉是提高诉讼效率的一种方式，但必须建立在分别立案的基础上。若法院未对反诉进行立案而直接合并审理，可能构成违法或程序瑕疵。因此，在实际操作中，被告应确保反诉经过立案程序，并在必要时提出异议以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。