农民轮换工的档案企业无权单方面作废。具体分析如下：

1. 档案的性质与重要性
   农民轮换工的档案属于个人人事档案，记录了其工作经历、劳动关系等重要信息，具有法律效力和证明作用。根据《档案法》及相关规定，档案的保管、使用和处置需严格遵循法定程序，企业无权随意销毁或作废。

2. 企业的权限与限制
   企业作为档案的保管方，仅享有临时保管权，而非所有权。若轮换工与企业解除劳动关系，企业应按照规定将档案转交至户籍所在地劳动部门或新就业单位，而非自行处理。若企业擅自作废档案，可能涉嫌违法，需承担相应责任。

3. 档案作废的法定条件
   档案的销毁或作废需满足严格条件，例如档案保管期限届满、经专业鉴定确无保存价值等，且需由档案管理部门组织审核后实施。企业单方面作废档案的行为不符合法定程序，可能被认定为无效。

4. 农民轮换工的权益保护
   若企业试图作废档案，轮换工可采取以下措施：

   • 要求企业出具书面说明，明确作废依据；
     
   • 向当地劳动监察部门投诉，要求介入调查；
     
   • 通过法律途径主张权利，例如起诉企业侵犯档案权。

建议：若您遇到企业试图作废档案的情况，可先与企业协商，要求其依法处理；若协商无果，可进一步向我咨询具体维权方案。