台风停工期间只发基本工资，在多数情况下是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与规定

根据《工伤保险条例》的相关规定，当职工因工作原因遭受事故伤害或患职业病，并需要暂停工作以接受工伤医疗时（虽然台风停工不完全等同于工伤医疗，但此处的法律原则可类比参考，即员工因非自身原因暂停工作期间，工资待遇应受保护），其所在单位应在停工留薪期内按月支付与原工资福利待遇相等的薪资。这里的“原工资福利待遇”是一个综合性的概念，它不仅包括了职工的基本工资，还涵盖了奖金、津贴、补贴等各项福利，即职工在正常出勤状态下所能获得的全部收入。

实际情况分析

1. 工资结构单一的情况：

   • 如果员工的工资结构仅仅包含基本工资，没有其他形式的津贴、奖金等额外收入，那么在台风停工期间，单位只需支付这部分基本工资即可视为合法。但这种情况在实际工作中较为少见。

2. 工资结构复杂的情况：

   • 在实际工作中，大多数员工的工资构成往往更加复杂，除了基本工资外，还包括了各种形式的津贴、奖金等额外收入。在这种情况下，单位若仅支付基本工资而忽略了其他部分的收入，则显然违反了相关法律法规的规定。员工应享受与原来相同的工资待遇，不能仅发放基本工资。

法律建议与行动

• 与单位沟通协商：如果单位在台风停工期间只支付了基本工资，员工首先可以尝试与单位进行沟通协商，要求其按照规定支付全额工资。
• 投诉与仲裁：若协商无果，员工有权向当地的劳动监察部门进行投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

可能的法律后果

• 如果用人单位未能按照法律法规的规定支付工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
• 员工也有权要求用人单位补发差额工资，并可能获得一定的经济补偿。

综上所述，台风停工期间只发基本工资在大多数情况下是不合法的。员工应确保自己获得与原来相同的工资待遇，如遇单位违规操作，应积极采取措施维护自身权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。