结论：在故意伤害罪案件中，如果仅赔偿了医疗、营养、护理、鉴定费，而未赔偿伤残等级相关的费用，受害者仍然有权申请伤残等级赔偿。

详细分析：

1. 伤残等级赔偿的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编的相关规定，因故意或过失造成他人人身损害的，应当承担侵权责任，包括赔偿因伤害导致的医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。若造成残疾的，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金。

2. 伤残等级赔偿的申请流程：

   • 伤残鉴定：首先，受害者需要向有资质的司法鉴定机构申请伤残等级鉴定。鉴定机构将根据受害者的伤情、恢复情况等因素，评定其伤残等级。
   • 提起诉讼或申请仲裁：在获得伤残等级鉴定报告后，受害者可以向法院提起诉讼，要求侵权人赔偿伤残等级相关的费用。如果双方之前已经通过仲裁或调解等方式处理过部分赔偿事宜，受害者也可以在此基础上，就未赔偿的伤残等级费用申请补充赔偿。
   • 证据提交：在诉讼或仲裁过程中，受害者需要提交伤残等级鉴定报告、医疗费用单据、收入证明等相关证据，以支持其赔偿请求。

3. 可能遇到的法律问题及建议：

   • 时效问题：根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，受害者需要在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼或申请仲裁。
   • 赔偿标准：伤残等级赔偿的标准因地区、伤残等级等因素而异。受害者需要了解当地的相关规定，以便准确计算赔偿金额。
   • 协商与调解：在提起诉讼或申请仲裁前，受害者可以尝试与侵权人进行协商或调解，以达成和解协议。这有助于节省时间和成本，同时也有助于维护双方的关系。

4. 实际操作建议：

   • 及时咨询律师：在处理此类案件时，受害者应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的赔偿金额和流程。
   • 保留相关证据：受害者需要妥善保留与伤害事件相关的所有证据，包括医疗费用单据、收入证明、伤残等级鉴定报告等。这些证据将在后续的诉讼或仲裁过程中发挥重要作用。
   • 关注案件进展：在提起诉讼或申请仲裁后，受害者需要关注案件的进展情况，及时与律师沟通，了解案件的最新动态和可能的结果。

总结与建议：

在故意伤害罪案件中，如果仅赔偿了部分费用而未赔偿伤残等级相关的费用，受害者仍然有权申请伤残等级赔偿。为了确保自己的权益得到充分保障，受害者应及时咨询专业律师，了解相关法律规定和赔偿标准，并妥善保留相关证据。同时，受害者也可以尝试与侵权人进行协商或调解，以达成和解协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。