针对员工进入控制区不按规定佩戴通行证的处罚，需结合具体场景和规定来分析，通常有以下几种处理方式：

1. 企业内部规章制度处罚
   若企业已制定明确的《安全管理制度》或《门禁管理规定》，且规定中明确“进入控制区必须佩戴通行证，否则将受到XX处罚”（如警告、罚款、扣绩效等），则企业可直接依据内部规定处理。
   法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位有权依法制定规章制度，员工需遵守；若规章制度合法且已公示，可作为处罚依据。
   建议：企业需确保制度内容合法（如罚款金额不超过月工资20%）、程序合法（如经民主程序制定并公示），否则处罚可能被认定无效。

2. 行政处罚（如涉及公共安全或行业监管）
   若控制区属于机场、核电站、军事基地等需特殊许可的场所，或企业受行业监管（如民航、化工），员工未按规定佩戴通行证可能违反《民用航空安全保卫条例》《安全生产法》等法规，面临行政处罚（如警告、罚款，甚至拘留）。
   示例：机场控制区未佩戴通行证，可能被民航公安机关依据《民用航空安全保卫条例》处警告或200元以下罚款。
   建议：企业需提前告知员工相关法规要求，避免因员工无知导致企业连带担责。

3. 刑事责任（极端情况）
   若未佩戴通行证的行为导致严重后果（如擅自进入危险区域引发事故，或利用未佩戴通行证实施盗窃、破坏等犯罪），员工可能涉嫌《刑法》中的重大责任事故罪、非法侵入罪等，需承担刑事责任。
   提醒：此情况需行为与后果存在直接因果关系，企业需及时固定证据（如监控、证人证言）以自证无责。

企业操作建议：

• 完善制度：明确佩戴通行证的要求、违规后果及申诉渠道，并经员工签字确认；
  
• 培训告知：定期组织安全培训，强调控制区准入规则；
  
• 温和处理：首次违规以教育为主，屡教不改再逐步升级处罚；
  
• 留存证据：处罚前需固定违规事实（如照片、监控），避免劳动争议。
  

员工注意：若认为处罚过重或不合理，可先与企业沟通协商；若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

如有具体场景或制度条款需要分析，可进一步向我说明，我会结合细节为您详细解答。