预支工资本身不应收取手续费，千分之三的手续费缺乏合法依据。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从劳动合同和劳动法规角度
   根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。预支工资本质上是用人单位提前支付劳动者应得的劳动报酬，属于工资支付的一种特殊形式，用人单位不应额外收取手续费。如果用人单位以收取手续费为由克扣劳动者工资，可能构成违法行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被克扣的费用并支付相应的赔偿。

2. 从企业内部规章制度角度
   虽然用人单位可以依法制定内部规章制度，但这些规章制度不得违反法律法规的强制性规定。如果用人单位的规章制度中规定预支工资需收取手续费，该规定因违反劳动法规而无效。劳动者有权拒绝支付此类不合理费用，并可依据法律规定维护自身权益。

3. 从实际操作和合理性角度
   预支工资通常是基于劳动者临时资金需求，用人单位出于人文关怀或管理需要而提供的便利措施。收取手续费不仅缺乏法律依据，也违背了预支工资的初衷。如果用人单位确实因预支工资产生了额外成本（如财务处理成本），应通过合理调整管理流程或内部核算方式解决，而非转嫁给劳动者。

建议：

• 如果用人单位要求你支付千分之三的手续费，你可以明确拒绝，并告知其该要求缺乏法律依据。
  
• 若用人单位坚持扣费，你可保留相关证据（如工资条、扣费通知等），向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 如有其他疑问或需要进一步帮助，欢迎随时向我咨询。