结论：工厂拿双倍加班补平时加班是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合《劳动法》及相关规定中关于加班工资支付的标准。
分析：
法定加班工资支付标准：
- 根据《劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的（即平时加班），应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
工厂拿双倍加班补平时加班的合法性分析：
- 若工厂仅在平时加班时支付双倍工资：这不符合《劳动法》的规定。平时加班应支付的是不低于工资百分之一百五十的工资报酬，而非双倍。因此，这种做法是不合法的。
- 若工厂在平时加班时支付双倍工资，且该双倍工资不低于法定标准（即百分之一百五十）：虽然工厂支付了双倍工资，但只要这个双倍工资不低于法定的一百五十，从实际支付的角度来看，劳动者是获得了更多的报酬。然而，从合规性的角度来看，工厂应明确按照法定比例支付加班工资，以避免潜在的劳动纠纷。但严格来说，只要不低于法定标准，工厂支付更高比例的加班工资并不违法，只是不是最低要求。
- 特殊情况下的合法性：如果工厂与劳动者在劳动合同或集体合同中明确约定了更高的加班工资支付标准（如平时加班支付双倍工资），且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。因为劳动合同和集体合同是劳动者与用人单位之间协商一致的结果，具有法律效力。
建议：
- 对于工厂：应严格按照《劳动法》的规定支付加班工资，避免潜在的劳动纠纷。如果希望提高劳动者的加班积极性，可以通过其他方式（如提供加班补贴、调休等）进行激励，而不是直接提高加班工资的支付比例（除非与劳动者有明确约定）。
- 对于劳动者：如果发现工厂支付的加班工资不符合法定标准，可以与工厂进行协商，要求按照法定标准支付。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：工厂拿双倍加班补平时加班是否合法，关键在于是否符合《劳动法》及相关规定中关于加班工资支付的标准。如果工厂支付的加班工资低于法定标准，则是不合法的；如果高于或等于法定标准（且与劳动者有明确约定），则可能是合法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。