合同制党员被不起诉后，处理主体取决于具体情形，可能是纪委处理，也可能是单位处理，或者两者均有权处理。以下从不同角度进行分析：
一、纪委处理的情况
党员违纪行为：
- 如果合同制党员的涉嫌犯罪行为同时违反了党的纪律，即使检察机关决定不起诉，纪委仍有权依据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，对其进行纪律审查，并作出相应的党纪处分，如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等。
职务违法与犯罪关联：
- 若党员的职务行为涉嫌违法，且与犯罪行为有关联，即使未达到刑事追诉标准，纪委也可能根据相关规定，对其进行政务处分或组织处理，如警告、记过、记大过、降级、撤职或开除等。
二、单位处理的情况
劳动合同关系：
- 合同制党员与单位之间存在劳动合同关系。如果党员的行为违反了单位的规章制度或劳动合同中的约定，单位有权依据相关法律法规和内部规定，对其进行处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。
单位内部管理：
- 单位作为管理者，有权对员工的行为进行监督和管理。如果党员的行为影响了单位的正常运营或声誉，单位可能根据内部管理规定，对其进行相应的处理，以维护单位的利益和形象。
三、纪委与单位共同处理的情况
- 在某些情况下，党员的违纪行为可能同时触犯了党的纪律和单位的规章制度。此时，纪委和单位可能根据各自的规定和程序，共同对其进行处理。例如，纪委先进行纪律审查并作出党纪处分，单位再根据党纪处分结果和内部规定，作出相应的处理决定。
四、法律建议
了解具体情形：
- 首先，需要了解合同制党员被不起诉的具体原因和涉嫌的犯罪行为性质，以及是否违反了党的纪律或单位的规章制度。
咨询专业意见：
- 如果涉及复杂的法律问题或纪律处分程序，建议咨询专业律师或纪委工作人员，以获取更准确的法律意见和指导。
配合调查与处理：
- 无论纪委还是单位进行处理，合同制党员都应积极配合调查，如实陈述事实，接受相应的处理决定。
维护合法权益：
- 如果认为处理决定存在错误或不公正，合同制党员有权依法提出申诉或复议，维护自己的合法权益。
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