对于不起诉的党员，党组织仍可依据党纪规定给予相应的党纪处分，具体处理方式如下：
党纪处分与刑事司法程序的独立性
根据《中国共产党纪律处分条例》第三十一条，党员涉嫌犯罪但情节轻微，人民检察院依法作出不起诉决定的，或者人民法院依法作出有罪判决并免予刑事处罚的，应当给予撤销党内职务、留党察看或者开除党籍处分。这表明党纪处分不依赖于刑事司法结果，即使司法机关未追究刑事责任，党组织仍可独立启动党纪调查并作出处分。
处分依据与程序
- 事实认定：党组织需通过调查核实党员的违纪行为，包括行为性质、情节及后果，形成完整证据链。
- 处分种类：根据违纪严重程度，可给予警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍处分。
- 程序要求：需遵循《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》，包括初步核实、立案审查、审理、处分决定及宣布等环节，确保程序合法。
与刑事处罚的衔接
- 已受刑事处罚的：若党员被法院判决有罪（包括免予刑事处罚），党组织应直接依据司法结论给予相应党纪处分，无需重复调查违纪事实。
- 未受刑事处罚的：若检察院不起诉或法院无罪判决，但党组织认定违纪行为成立的，仍可独立处分，但需注意避免与司法结论冲突，确保处分依据充分。
特殊情形处理
- 证据不足不起诉：若因证据问题不起诉，但党组织掌握其他证据证明违纪的，可依党纪规定处分。
- 酌定不起诉（相对不起诉）：若因情节轻微不起诉，党组织通常应给予处分，但可结合具体情节从轻或减轻。
- 存疑不起诉：若因事实不清、证据不足不起诉，且党组织无法补充证据的，一般不予处分，但需持续关注新证据。
建议：若涉及具体案件，需结合违纪事实、证据情况及司法结论综合判断。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合实务经验提供详细分析。