员工代用公章签订的合同，其效力及合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、公章的效力与合同成立
公章的法律意义：
- 公章是公司、企业等组织对外表示意思的重要工具，具有法律效力。在合同上加盖公章，通常视为公司对合同内容的认可和承诺。
员工代用公章的合法性：
- 如果员工未经授权擅自代用公章签订合同，这属于无权代理行为。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无权代理行为未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力，由行为人承担责任。
- 如果员工在授权范围内代用公章签订合同，或者事后得到了公司的追认，那么该合同对公司具有法律效力。
二、合同效力的判断因素
相对人是否善意：
- 如果合同相对人（即与员工签订合同的另一方）在签订合同时并不知道员工无权代用公章，且没有理由知道这一点，那么该相对人可以被视为善意相对人。在善意相对人的情况下，合同可能因表见代理而对公司产生效力。
- 表见代理是指行为人虽无代理权，但由于被代理人的行为造成了足以使善意相对人相信其有代理权的表象，而与善意相对人进行的、由本人承担法律后果的代理行为。
合同内容是否合法：
- 即使员工代用公章签订了合同，如果合同内容本身违法或违反公序良俗，那么该合同也是无效的。例如，合同涉及赌博、贩毒等非法活动，或者违反了法律法规的强制性规定。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果员工代用公章签订的合同被认定无效，那么公司可能不需要承担合同义务，但可能需要承担因员工行为给相对人造成的损失赔偿责任（如果公司存在过错，如管理不善等）。
- 如果合同被认定有效，公司则需要按照合同约定履行义务，并可能面临因员工行为带来的法律风险。
建议：
- 公司应加强对公章的管理，明确公章的使用权限和流程，防止员工擅自代用公章。
- 在签订合同时，公司应仔细审查合同内容，确保合同合法合规，并核实对方的身份和授权情况。
- 如果发现员工擅自代用公章签订合同，公司应及时采取措施，如向相对人发出通知、报警等，以减少损失和风险。
总结来说，员工代用公章签订的合同的效力及合法性需根据具体情况来判断。公司应加强对公章的管理和合同审查，以降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。