在农业农村部门未设立土地承包仲裁机构的情况下，土地承包纠纷可以通过以下途径处理：

1. 协商解决
   双方当事人可以首先尝试通过友好协商的方式解决纠纷。这种方式灵活、高效，且成本较低，有助于维护双方的关系。在协商过程中，双方可以就争议的问题进行充分沟通，寻求互利共赢的解决方案。

2. 调解处理
   如果协商无果，双方可以寻求第三方调解机构的帮助。这些调解机构可以是村民委员会、乡镇人民政府设立的调解组织，或者是其他依法设立的调解机构。调解机构会组织双方进行调解，提出调解方案，促使双方达成和解协议。调解协议具有法律效力，双方应当履行。

3. 向法院提起诉讼
   如果协商和调解均无法解决纠纷，双方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院会依法审理案件，查明事实，分清是非，并根据法律规定作出判决。判决具有强制执行力，如果一方不履行判决，另一方可以申请法院强制执行。

4. 寻求行政救济（如适用）
   在某些情况下，如果土地承包纠纷涉及到行政机关的行政行为，如土地承包经营权的登记、颁证等，双方也可以考虑通过行政复议或行政诉讼等途径寻求行政救济。不过，这通常适用于纠纷涉及行政机关具体行政行为的情况，并非所有土地承包纠纷都适用。

建议：

• 在处理土地承包纠纷时，建议双方当事人保留好相关证据，如土地承包合同、土地权属证明、缴费凭证等，以便在协商、调解或诉讼过程中证明自己的主张。
  
• 如果纠纷涉及法律问题较为复杂，或者双方对法律条款的理解存在分歧，建议咨询专业律师（即向我咨询），以获取更准确的法律意见和帮助。