结论：是否可以通过农民工账户支付款项，与是否签订合同无直接法律关联，但需结合账户性质、资金用途及法律规定综合判断。以下分情况说明：

1. 若农民工账户为个人合法账户（如工资卡）
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条，工程建设领域应实行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度，工资需通过专用账户直接支付至农民工个人银行账户。此时：

   • 合法性：即使未签订书面合同，只要存在事实劳动关系或劳务关系，用人单位仍有义务通过专用账户或直接支付工资至个人账户。
     
   • 风险点：若未签订合同，可能面临举证困难（如劳动关系认定、工资标准争议），但不影响账户使用的合法性本身。
     

2. 若农民工账户为“专用账户”（如工程款专用账户）
   根据《人民币银行结算账户管理办法》第十三条，专用账户需经人民银行核准并明确资金用途（如工程款、保证金等）。此时：

   • 合法性限制：专用账户资金通常仅限特定用途，若将非工资款项（如材料款、设备租赁费）转入农民工个人账户，可能涉嫌挪用资金或违反账户管理规定。
     
   • 例外情形：若地方性法规或合同明确允许通过专用账户支付部分费用（如临时用工工资），需以书面约定为准。
     

3. 未签合同下的操作建议

   • 优先补签合同：明确劳动关系/劳务关系、工资标准及支付方式，避免后续纠纷。
     
   • 保留证据：通过工资条、考勤记录、工作证等证明劳动关系，确保账户资金可被认定为工资。
     
   • 合规支付：若通过专用账户支付，需确保资金用途与账户性质一致；若通过个人账户支付，需留存转账备注（如“工资”）。
     

风险提示：未签订合同可能影响劳动者权益保护（如工伤赔偿、经济补偿），但不影响账户使用的表面合法性。若涉及大额资金或复杂交易，建议提前咨询法律专业人士。