当公司法人变更后，对于原来存在的违法行为，其处理方式需要依据具体情况和法律法规来综合判断。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：
一、明确责任主体
原法人代表的责任：
- 如果违法行为发生在原法人代表任职期间，且该行为与其职务行为直接相关，那么原法人代表可能需要承担个人法律责任，这包括民事责任、行政责任，甚至在严重情况下可能涉及刑事责任。
- 若原法人代表的违法行为给公司造成了损失，公司有权在法人变更后，通过法律途径向其追偿。
公司的责任：
- 公司作为独立的法律实体，对其经营过程中的违法行为负有直接责任。即使法人代表发生变更，公司仍需对变更前的违法行为承担责任，除非能够证明该行为与变更后的法人代表或公司运营完全无关。
- 公司应建立健全的内部管理制度，确保经营活动的合法性，防止违法行为的发生。
二、处理违法行为的具体步骤
调查与取证：
- 相关监管部门或执法机构会对涉嫌违法的行为进行调查，收集证据以确认违法事实。
- 公司应积极配合调查，提供必要的文件和资料，以便监管部门全面了解情况。
法律责任认定：
- 根据调查结果，相关机构会认定违法行为的性质、情节以及责任主体。
- 如果违法行为涉及刑事犯罪，法人代表或相关责任人可能面临刑事追究。
处罚与执行：
- 对于确认的违法行为，相关机构会依法作出处罚决定，如罚款、吊销营业执照、责令停业整顿等。
- 公司和法人代表（无论新旧）应按照处罚决定履行义务，如缴纳罚款、整改违法行为等。
内部整改与预防：
- 公司应针对违法行为进行深刻的内部整改，加强内部管理，完善制度流程，防止类似行为再次发生。
- 可以建立合规管理体系，定期进行合规审查和培训，提高员工的法律意识和合规意识。
三、特殊情况下的责任划分
法人变更前的违法行为：
- 如果违法行为发生在法人变更之前，但持续至变更之后或造成了后续影响，原法人代表和公司仍可能需要承担责任。
- 新法人代表在接任时，应充分了解公司的历史遗留问题，包括可能的违法行为，并采取措施加以解决或防范。
名义法人与实际控制人的责任：
- 如果法人代表只是名义上的代表，而实际控制人另有其人，且违法行为由实际控制人指使或参与，那么实际控制人也应承担相应的法律责任。
- 在这种情况下，公司应积极配合监管部门的调查，提供实际控制人的相关信息和证据，以便准确划分责任。
综上所述，公司法人变更后，对于原来存在的违法行为，应依法进行调查、认定责任、作出处罚，并加强内部整改和预防。同时，新法人代表在接任时应充分了解公司的历史情况，确保公司运营的合法性和合规性。