男方单方面做的亲子鉴定，在女方不承认的情况下，若鉴定程序合法且样本真实，该亲子鉴定结果通常具有法律效力。以下从不同角度为你详细分析：

法律效力基础

亲子鉴定结果的法律效力主要来源于其科学性和合法性。科学的亲子鉴定方法，如DNA鉴定，能够准确判断亲子关系，其准确率极高。而合法性则要求鉴定过程必须遵循法定程序，包括鉴定机构的资质、鉴定人的资格、样本的采集和保存等环节。只要这些环节都符合法律规定，那么鉴定结果就具有法律效力。

女方不承认的影响

1. 不直接影响法律效力：女方不承认私生子的存在，并不直接影响亲子鉴定结果的法律效力。因为亲子鉴定是基于科学方法和法定程序得出的结论，与当事人的主观承认与否无关。
2. 可能引发争议：然而，女方的不承认可能会引发关于鉴定程序合法性、样本真实性等方面的争议。例如，女方可能会质疑鉴定机构是否具备资质、鉴定人是否具备资格、样本是否被污染或调换等。这些争议需要通过法律程序来解决，如申请重新鉴定、提供反证等。

男方应如何应对

1. 确保鉴定程序合法：男方在进行亲子鉴定时，应选择具备资质的鉴定机构，确保鉴定人具备相应资格，并严格按照法定程序进行样本的采集和保存。这样可以提高鉴定结果的准确性和合法性，减少争议的可能性。
2. 保留相关证据：男方应保留与亲子鉴定相关的所有证据，如鉴定报告、鉴定机构的资质证明、鉴定人的资格证明、样本的采集和保存记录等。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
3. 考虑法律途径：如果女方仍然不承认亲子鉴定结果，男方可以考虑通过法律途径来解决争议。例如，可以向法院提起诉讼，要求确认亲子关系，并提交亲子鉴定报告作为证据。法院将根据法律规定和鉴定结果来作出判决。

特殊情况考虑

• 如果女方提出合理质疑：如果女方能够提出合理的质疑，如鉴定机构不具备资质、鉴定人不具备资格、样本被污染或调换等，并提供了相应的证据，那么法院可能会要求重新进行亲子鉴定。
• 如果涉及隐私和伦理问题：亲子鉴定可能涉及当事人的隐私和伦理问题。因此，在进行亲子鉴定时，应尊重当事人的意愿和隐私权，避免不必要的纠纷和伤害。

最后建议：如果你面临类似的情况，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。我可以根据你的具体情况，为你提供更详细的法律分析和建议。