针对“变更之后进度款超支了怎么办”这一问题，以下是从不同角度给出的法律分析和建议：
合同变更的合法性审查：
- 首先，需要审查合同变更的程序和内容是否合法。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同变更应当遵循双方协商一致的原则，且变更内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。如果合同变更程序或内容存在违法情形，那么该变更可能无效，进度款超支的问题可能需按照原合同处理。
超支原因的分析与责任界定：
- 接下来，需要分析进度款超支的具体原因。如果是由于合同变更后，工程量增加、材料价格上涨等合理因素导致的超支，且这些因素在合同变更时已经预见或应当预见，那么超支部分可能应由双方按照变更后的合同约定分担。
- 如果超支是由于一方违约（如施工方未按约定施工、管理不善等）或故意隐瞒信息导致的，那么违约方应承担相应的赔偿责任。此时，受损方可以依据合同约定或法律规定，要求违约方赔偿超支部分的损失。
合同条款的解读与应用：
- 仔细审查合同变更后的条款，特别是关于进度款支付、超支处理等方面的约定。如果合同中有明确规定超支情况下的处理方式（如调整支付比例、追加预算等），则应按照合同约定执行。
- 如果合同中没有明确规定，双方可以协商补充协议，明确超支部分的处理方式。在协商过程中，应充分考虑双方的利益平衡和合同履行的实际情况。
法律途径的解决：
- 如果双方无法就超支问题达成一致意见，可以考虑通过法律途径解决。受损方可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求违约方承担赔偿责任或确认超支部分的处理方式。
- 在诉讼或仲裁过程中，需要提供充分的证据证明超支的原因、责任归属以及损失金额等事实。因此，建议受损方在发现超支问题后，及时收集、整理相关证据材料。
预防措施与建议：
- 为了避免类似问题的再次发生，建议在未来的合同签订和变更过程中，加强风险管理和合同审查。明确约定进度款支付方式、超支处理机制等关键条款，确保合同条款的明确性和可操作性。
- 同时，在合同履行过程中，加强监督和管理，及时发现并解决问题。对于可能出现的超支情况，提前制定应对措施和预案，以减少损失和风险。
总结与建议：针对变更之后进度款超支的问题，首先应审查合同变更的合法性；其次分析超支原因并界定责任；然后仔细解读和应用合同条款；如果无法协商解决，可以考虑通过法律途径解决；最后，为了预防类似问题的再次发生，应加强风险管理和合同审查。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。