进度款超付后期扣回是可以的。以下是对此问题的详细分析：
一. 进度款超付的法律性质
不当得利：根据《中华人民共和国民法典》第一百二十二条，“因他人没有法律根据，取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益”。若工程进度款超付，收款方取得的超出部分款项即构成不当得利，付款方有权要求返还。
合同违约：若工程进度款支付超出合同约定的金额，也可能构成合同违约。虽然直接的法律条款可能未明确提及进度款超付，但根据合同法的精神，双方应严格履行合同约定的义务，超付行为违反了合同关于付款金额和方式的约定。
二. 进度款超付后期扣回的方式
双方协商：一旦发现进度款超付，双方应首先进行友好协商，确认超付的金额和原因，并探讨解决方案。如双方达成一致，可以在后续的进度款支付中进行扣回，或者由收款方直接返还超付的款项。
合同约定：若双方在合同中已对进度款超付及后期扣回有明确约定，则应按照合同约定执行。例如，合同中可能规定，在结算过程中若发现进度款支付超出实际已完成工程价款，承包单位应在结算后一定期限内（如30日）向发包单位返还多收到的工程进度款。
法律途径：若双方协商无果，付款方可以选择通过法律途径来维护自己的权益。可以向当地人民法院提起诉讼，要求对方返还超出的工程进度款，并提供充分的证据来证明超付情况。
三. 实际操作中的建议
加强财务管理：对于付款方而言，应加强对工程进度款的财务管理，确保每笔款项的支付都符合合同约定和工程实际进度。
完善合同条款：在签订合同时，应明确约定进度款的支付条件、支付时间、支付金额以及超付后的处理方式等条款，以避免后续纠纷。
及时沟通协商：一旦发现进度款超付情况，双方应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。避免问题拖延导致损失扩大或关系恶化。
我的观点：进度款超付后期扣回是可以的，但关键在于双方能否达成一致并妥善解决。在实际操作中，双方应加强沟通协作，完善合同条款，确保工程进度款的支付符合合同约定和工程实际进度。如有进一步需要，您可以继续咨询我。