工程款拨付超进度时，应首先核实超付原因和金额，随后通过协商、法律途径解决，并加强内部管理以预防类似情况再次发生。

一. 核实超付原因和金额

首先，需要详细核查工程进度款的支付情况，确认是否存在计算错误、重复支付或合同变更导致的超付问题。同时，明确超付的具体金额，为后续处理提供准确依据。

二. 与合同方协商

1. 沟通协商：在核实情况后，应尽快与合同方进行沟通协商，说明超付的情况及原因，寻求双方都能接受的解决方案。可能的解决方案包括调整项目进度计划、增加项目预算或改变付款方式等。

2. 保留证据：在协商过程中，务必保留好相关证据，如聊天记录、邮件、合同文件及付款记录等，以备后续可能出现的纠纷。

三. 法律途径解决

1. 咨询律师：如果协商无果或合同方拒绝返还超付的工程款，可以寻求专业律师的帮助，了解自身权益和可能的法律途径。

2. 收集证据：准备充分的证据材料，包括但不限于合同文件、付款记录、发票、工程进度报告及双方沟通记录等，以证明超付事实及由此带来的损失。

3. 提起诉讼：在律师的建议下，可以向当地人民法院提起诉讼，要求合同方返还超付的工程款并承担相应责任。法院将根据相关法律法规及双方合同约定进行裁决。

四. 加强内部管理

1. 完善审批流程：加强对工程进度款的财务管理和审批流程管理，确保每笔款项的支付都符合合同约定及实际工程进度。

2. 提升人员素质：定期对财务人员进行培训，提高其业务水平和风险意识，避免因人为失误导致的超付问题。

3. 明确合同条款：在签订合同时，应明确工程进度款的支付条件、支付时间及支付方式等条款，避免模糊或不明确的规定导致后续纠纷。

五. 法律依据

• 《中华人民共和国合同法》第四章第三十三条：债务人（即承包商）有权要求债权人（即业主或者单位）返还多付的工程款。
• 《中华人民共和国民法典》第五百四十三条：当事人协商一致，可以变更合同。这为双方通过协商调整合同内容提供了法律依据。

综上所述，处理工程款拨付超进度问题需要从核实情况、协商沟通、法律途径及内部管理等多方面入手。我的建议是，在发现超付问题后，应立即采取行动，与合同方积极协商并寻求专业法律意见，以维护自身权益并避免不必要的损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。