结论：公司有违法行为时，员工是否可以直接离职需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、从劳动合同法的角度
一般情况：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
- 未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
- 未及时足额支付劳动报酬的；
- 未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
- 用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
- 因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的（例如以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的）；
- 法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
- 分析：如果公司的违法行为属于上述情形之一，员工有权直接解除劳动合同，并且根据《劳动合同法》第四十六条，用人单位还应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿的计算方式为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
特殊情况：
- 如果公司的违法行为并不直接涉及上述条款，但员工认为继续工作可能会对其自身权益造成损害（例如公司从事非法活动，员工可能面临法律风险），员工也可以考虑解除劳动合同。但这种情况下，员工可能需要承担一定的举证责任，证明公司的违法行为确实对其造成了实质性的损害或威胁。
二、从劳动安全卫生的角度
- 如果公司的违法行为涉及劳动安全卫生方面，例如未提供必要的劳动保护用品、未进行安全培训等，员工有权根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国安全生产法》的相关规定，拒绝在危险环境下工作，并有权要求公司改善劳动条件。如果公司拒不改正，员工可以解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。
三、从实际操作的角度
保留证据：
- 在决定离职前，员工应尽可能收集并保留公司违法行为的证据，如公司规章制度、工作记录、邮件往来、聊天记录等。这些证据在后续的劳动争议仲裁或诉讼中可能起到关键作用。
与公司沟通：
- 在决定离职前，员工可以尝试与公司进行沟通，表达对公司违法行为的关切，并要求公司改正。如果公司愿意改正，员工可以考虑继续留在公司工作。
寻求法律援助：
- 如果员工对公司的违法行为感到困惑或无助，可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我），以了解自己的权益和可能的法律途径。
建议：面对公司违法行为，员工应保持冷静和理性，根据具体情况选择合适的应对策略。如果决定离职，应确保自己的行为符合法律法规的规定，并尽可能保留相关证据以维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。