针对您提出的问题，即不动产持有法院生效判决份额已确定，甲乙丙三人是否可以单独办证，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，当不动产的份额已经通过法院生效判决确定后，这一判决具有法律效力，是办理不动产登记的重要依据。然而，是否可以单独办证，并非直接由份额确定这一事实决定，而是需要看具体的登记类型和法律规定。

1. 关于单独申请办理不动产登记的情形：

   • 根据不动产登记的相关规定，存在多种情形可以单方申请办理不动产登记，如不动产申请首次登记、继承或受遗赠取得不动产权利、人民法院生效的法律文书设立、变更、转让、消灭不动产权利等。但这些情形主要关注的是登记的原因或权利来源，而非份额的分配。

2. 关于不动产份额与单独办证的关系：

   • 在不动产按份共有的情况下，每个共有人都按照其份额享有不动产的权利。然而，这并不意味着每个共有人都可以单独办理整个不动产的证书。通常，不动产证书会反映所有共有人的份额情况，或者根据共有人的协商和法院的判决，办理共有权证或分别办理各自份额的证书（如果法律和登记机构允许）。

3. 针对您情况的具体分析：

   • 既然甲乙丙三人的份额已经通过法院生效判决确定，那么他们可以根据这一判决向不动产登记机构申请办理登记。但具体是办理一个共有权证还是分别办理各自份额的证书，需要看当地不动产登记机构的规定和实际操作。
   • 如果登记机构允许分别办理各自份额的证书，并且甲乙丙三人也同意这种方式，那么他们可以分别申请办理。但需要注意的是，这种方式可能并不常见，且需要满足一定的条件，如份额的明确划分、无争议等。
   • 如果登记机构更倾向于办理一个共有权证，那么甲乙丙三人需要共同申请，并在证书上注明各自的份额。

4. 如果被告不配合的情况：

   • 如果其中一方（如被告）不配合办理不动产登记，原告可以向法院申请强制执行。法院会向不动产登记中心发送《协助执行通知书》，要求登记中心根据法院的判决办理登记。

5. 建议：

   • 在办理不动产登记前，甲乙丙三人最好先咨询当地的不动产登记机构，了解具体的登记要求和流程。
   • 如果可能的话，他们可以协商达成一个共同的申请方案，以简化登记过程并减少争议。
   • 如果遇到任何困难或争议，他们可以寻求法律帮助或咨询专业律师。

综上所述，甲乙丙三人是否可以单独办证取决于当地不动产登记机构的规定和实际操作，以及他们之间的协商和法院的判决。在办理过程中，他们需要遵循相关法律法规和登记机构的要求，并可能需要寻求法律帮助以解决任何争议或困难。