有纠纷的房产，可以按照法院判决的份额办理产权证。具体分析如下：

1. 法院判决的效力
   根据《民法典》及相关司法解释，法院对房产份额的判决具有强制执行力。若判决明确各方对房产的共有比例（如按份共有或共同共有），权利人可凭生效判决书、协助执行通知书等材料，直接向不动产登记机构申请办理产权变更或分割登记。

2. 办理流程的关键点

   • 材料准备：需提交法院判决书、生效证明（如法院盖章的送达回证）、身份证明、原房产证等。
     
   • 登记类型：若判决明确份额（如A占70%、B占30%），可申请按份共有登记；若未明确份额，可能需先通过诉讼确认比例。
     
   • 执行协助：若义务方拒不配合，可申请法院强制执行，由登记机构直接依据判决办理。

3. 特殊情形处理

   • 房产被查封或抵押：需先解除查封或注销抵押登记，再依据判决办理。
     
   • 共有权人异议：若其他共有人对判决有异议，需通过审判监督程序解决，暂不影响登记，但可能引发后续纠纷。
     
   • 政策限制：部分地区对共有房产分割登记有特殊规定（如需满足最小面积要求），需结合地方政策操作。

建议：办理前务必确认判决书已生效，并提前与当地不动产登记中心沟通材料要求。若涉及复杂情况（如多轮诉讼、执行障碍），可进一步提供细节，我将为您梳理具体解决方案。