法院将房屋判决到两个人名下时，可以自行约定份额。

在法律实践中，当法院将房屋判决给两个人共有时，这通常意味着这两个人成为了该房屋的共有人。根据《民法典》的相关规定，共有人对共有的不动产或者动产没有约定为按份共有或者共同共有，或者约定不明确的，除共有人具有家庭关系等外，视为按份共有。而按份共有人对共有的不动产或者动产享有的份额，没有约定或者约定不明确的，按照出资额确定；不能确定出资额的，视为等额享有。

然而，共有人之间完全可以自行约定各自对房屋所占的份额。这种约定可以是书面的，也可以是口头的，但为了避免未来可能出现的纠纷，建议最好采用书面形式，并明确记载在相关的法律文件中，如判决书、调解书或共有协议等。

因此，如果法院将房屋判决到两个人名下，并且这两个人希望自行约定各自对房屋的份额，那么他们完全可以在法律允许的范围内进行约定，并采取相应的法律措施来确保这种约定的有效性和合法性。

总之，法院将房屋判决到两个人名下时，这两个人可以自行约定各自对房屋的份额，并应该采取必要的法律措施来确保这种约定的有效性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。