批复文件成立的组织机构未注册，一般是不合法的。以下从几个角度进行详细分析：

一、组织机构注册的法律要求

根据相关法律法规，组织机构（如公司、社团等）的成立通常需要经过注册程序，以获得合法的法律地位。注册是组织机构取得法人资格、进行合法经营或活动的前提条件。未经注册的组织机构，在法律上往往不被认可，其活动可能受到限制或禁止。

二、批复文件与注册的关系

批复文件通常是政府或相关部门对组织机构成立申请的答复，表明同意或批准该组织机构的成立。然而，批复文件本身并不等同于注册。批复文件只是注册程序中的一个环节，它可能为组织机构的注册提供了前提条件或依据，但并不能替代注册程序。组织机构在获得批复文件后，仍需按照相关法律法规的规定，完成注册手续，才能取得合法的法律地位。

三、未注册组织机构的法律后果

1. 法律地位不明确：未注册的组织机构在法律上没有明确的地位，其活动可能受到限制或禁止。例如，未注册的公司无法签订合法有效的合同，无法享受税收优惠等。
2. 法律责任风险：未注册的组织机构及其成员可能面临法律责任风险。由于未注册，组织机构可能无法承担民事责任，导致成员个人承担不必要的法律责任。此外，未注册的组织机构还可能面临行政处罚或刑事责任的风险。
3. 信誉受损：未注册的组织机构在信誉方面可能受到损害。由于缺乏合法的法律地位，其他组织或个人可能对其产生不信任感，从而影响其业务发展或社会声誉。

四、建议与措施

1. 尽快完成注册手续：如果组织机构已经获得批复文件但尚未注册，建议尽快按照相关法律法规的规定完成注册手续，以取得合法的法律地位。
2. 咨询专业律师：在注册过程中，如果遇到任何法律问题或困惑，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。
3. 遵守法律法规：组织机构在成立和运营过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，确保合法合规经营或活动。

总结来说，批复文件成立的组织机构未注册是不合法的。为了确保组织机构的合法性和稳定性，建议尽快完成注册手续并遵守相关法律法规的规定。如果您在注册过程中遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询。