结论：从银行贷款100万却只收到90万，这一行为是否合法，取决于贷款合同中的具体约定以及银行扣除款项的性质。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 合法情况：如果贷款合同中明确约定了银行有权扣除一定比例的款项（如手续费、管理费、风险准备金等），并且这一扣除比例在合同中有明确体现，同时银行在发放贷款时已经向借款人明确告知了这一扣除情况，那么银行只发放90万的行为是合法的。因为双方已经通过合同形式对贷款金额和扣除事项进行了约定，借款人应当遵守。
- 非法情况：如果贷款合同中没有明确约定银行可以扣除款项，或者虽然约定了扣除但扣除比例与实际不符，或者银行在发放贷款时未向借款人明确告知扣除情况，那么银行只发放90万的行为可能构成违约或欺诈。借款人可以依据合同约定或相关法律规定，要求银行补足贷款金额或承担相应的法律责任。
扣除款项性质角度：
- 合法扣除：如果银行扣除的款项是合法的，如按照国家规定收取的利息、手续费等，并且这些费用在合同中有明确约定，同时银行在发放贷款时已经向借款人进行了充分告知，那么这种扣除是合法的。但需要注意的是，即使扣除合法，扣除后的实际到账金额也应符合合同约定的贷款金额。
- 非法扣除：如果银行扣除的款项没有合法依据，如未经借款人同意擅自扣除的“服务费”、“咨询费”等，或者扣除的金额超过了合同约定的范围，那么这种扣除是非法的。借款人有权要求银行退还非法扣除的款项，并可能要求银行承担因此造成的损失。
法律建议：
- 审查合同：首先，借款人应仔细审查贷款合同，查看合同中是否有关于银行扣除款项的约定，以及约定的具体内容和比例。
- 与银行沟通：如果借款人发现银行扣除的款项与合同约定不符，或者银行未按照合同约定发放贷款，应及时与银行进行沟通，要求银行给出合理的解释和补救措施。
- 寻求法律帮助：如果与银行沟通无果，借款人可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。例如，可以向当地银保监会投诉，或者向法院提起诉讼。
可能后果：
- 如果银行的行为构成违约或欺诈，借款人可能要求银行补足贷款金额、支付违约金或赔偿损失等。
- 如果银行的行为不构成违约或欺诈，但扣除的款项存在争议，借款人可能需要通过协商、投诉或诉讼等方式解决争议。
举例说明：
假设借款人与银行签订的贷款合同中约定贷款金额为100万，年利率为5%，贷款期限为一年，且合同中未约定银行可以扣除其他费用。如果银行在发放贷款时只发放了90万，并声称扣除了10万作为“手续费”，那么这一行为就可能构成违约。因为合同中并未约定银行可以扣除手续费，且银行未在发放贷款前向借款人明确告知这一扣除情况。在这种情况下，借款人可以要求银行补足贷款金额，并可能要求银行承担因此造成的损失。