结论：卖公司废品经部门领导批准用于补偿员工损失这一行为，在法律上存在较大的风险和不确定性，一般不可以直接这样做。以下从不同角度进行详细分析：

一、公司财产处置的法律规定

公司废品属于公司的财产，其处置应当遵循公司内部的财务管理制度和相关法律法规。根据《中华人民共和国公司法》及相关财务规定，公司财产的处置需要经过合法的程序和审批，不能随意由部门领导批准后进行处置。即使部门领导有批准权，也应当是在公司规定的权限范围内进行，且不能违反法律法规的强制性规定。

二、员工损失补偿的合法途径

员工因工作原因遭受的损失，应当通过合法的途径进行补偿。这通常包括：

1. 工伤保险：如果员工因工作受伤或患职业病，应当依法享受工伤保险待遇，由工伤保险基金支付相关费用。
2. 公司赔偿：如果员工损失是由于公司的过错或违法行为造成的，员工有权要求公司进行赔偿。这种赔偿应当通过合法的程序进行，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
3. 其他合法途径：如员工福利计划、员工互助基金等，这些途径也需要在公司规章制度或相关协议中有明确规定。

三、卖废品补偿员工损失的法律风险

1. 违反公司财务管理制度：未经合法程序擅自处置公司废品，可能违反公司的财务管理制度，导致公司财产的流失和浪费。
2. 涉嫌职务侵占或挪用资金：如果部门领导或相关人员利用职权擅自处置公司废品并将所得款项用于补偿员工损失，可能涉嫌职务侵占或挪用资金等违法行为。
3. 员工权益无法保障：通过非正规途径补偿员工损失，可能导致员工权益无法得到充分保障。例如，如果补偿金额不足或补偿方式不合法，员工可能仍然需要通过法律途径来维护自己的权益。

四、建议

1. 遵循合法程序：如果公司确实需要处置废品并用于补偿员工损失，应当遵循合法的程序和审批流程。这包括制定明确的处置方案、经过公司高层或相关部门的批准、进行公开透明的处置等。
2. 完善员工福利制度：公司可以考虑完善员工福利制度，如设立员工互助基金、提供额外的保险保障等，以更好地保障员工的权益和福利。
3. 加强法律意识和风险防控：公司应当加强员工的法律意识和风险防控意识，确保员工了解并遵守相关法律法规和公司规章制度，避免因违法行为而给公司和个人带来不必要的风险和损失。

总结来说，卖公司废品经部门领导批准用于补偿员工损失这一行为存在较大的法律风险和不确定性。为了保障公司和员工的权益，建议遵循合法程序进行废品处置和员工损失补偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。