结论：解除劳动合同证明没有备注双方协议解除，并不直接构成违法，但可能因未全面履行法定义务而存在一定风险。具体是否违法，需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律规定角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除劳动合同时，应当向劳动者出具解除劳动合同的证明，并在证明中写明劳动合同期限、解除劳动合同的日期、工作岗位、在本单位的工作年限等信息。然而，该法律并未明确规定解除劳动合同证明中必须备注“双方协议解除”这一具体表述。
分析：从法律条文来看，没有备注“双方协议解除”并不直接违反法律规定。但用人单位在出具解除劳动合同证明时，应尽可能全面、准确地反映解除劳动合同的真实情况，以避免后续可能产生的纠纷。
二、实际操作角度
在实际操作中，解除劳动合同的方式多种多样，包括双方协商一致解除、劳动者单方解除、用人单位单方解除等。如果双方确实是协商一致解除劳动合同，那么在解除劳动合同证明中备注“双方协议解除”可以更直观地反映这一事实，有助于减少后续可能产生的误解或纠纷。
分析：虽然法律没有明确要求备注“双方协议解除”，但从实际操作和风险防范的角度来看，备注这一信息是有益的。它可以帮助劳动者和用人单位更清晰地了解解除劳动合同的原因和方式，从而避免不必要的法律纠纷。
三、风险防范角度
如果解除劳动合同证明中没有备注“双方协议解除”，而实际上双方是协商一致解除的，那么在未来可能出现的劳动争议中，劳动者或用人单位可能需要提供其他证据来证明这一事实。这可能会增加双方的举证难度和诉讼成本。
建议：
用人单位角度：在出具解除劳动合同证明时，应尽可能全面、准确地反映解除劳动合同的真实情况。如果双方是协商一致解除的，建议在证明中备注“双方协议解除”或类似表述，以减少后续可能产生的纠纷。
劳动者角度：如果收到的解除劳动合同证明中没有备注“双方协议解除”，但自己确实与用人单位协商一致解除了劳动合同，可以保留好与用人单位协商解除的相关证据（如聊天记录、邮件往来等），以备不时之需。
双方共同角度：无论用人单位还是劳动者，在解除劳动合同时都应保持谨慎和理性，尽可能通过书面形式明确解除劳动合同的原因、方式、时间等关键信息，以减少后续可能产生的法律纠纷。
总结：解除劳动合同证明没有备注双方协议解除并不直接构成违法，但可能因未全面履行法定义务而存在一定风险。为了降低风险、减少纠纷，建议用人单位在出具解除劳动合同证明时尽可能全面、准确地反映解除劳动合同的真实情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。