在强奸案中，刑侦部门是有权扣押受害者手机的，但需满足法定条件并遵循严格程序。具体分析如下：

1. 法律依据与必要性
   根据《刑事诉讼法》第141条，侦查机关在侦查活动中发现可用以证明犯罪嫌疑人有罪或无罪的财物、文件，应当扣押。在强奸案中，受害者手机可能存储与案件直接相关的证据（如聊天记录、通话记录、定位信息、视频或照片等），这些证据对查明案件事实、锁定犯罪嫌疑人至关重要。因此，扣押手机具有法律授权和现实必要性。

2. 程序要求

   • 扣押决定：需由侦查机关负责人批准，并制作扣押决定书，载明扣押理由、对象及范围。
     
   • 执行过程：侦查人员需出示工作证件和扣押决定书，当场开列扣押清单（一式两份），由侦查人员、见证人和持有人签名确认。若持有人拒绝签名，需在清单上注明。
     
   • 权利保障：若手机内存在与案件无关的个人隐私信息（如健康数据、无关通讯记录），侦查机关应依法保密，不得非法使用或泄露。

3. 特殊情形与限制

   • 紧急情况：若证据可能灭失（如手机被远程删除数据），侦查人员可先行扣押，但需在24小时内补办手续。
     
   • 技术协助：扣押后需对手机进行数据提取、固定时，应由专业技术人员操作，避免数据损坏或篡改。
     
   • 返还条件：若手机与案件无关，或案件终结后无需继续留存证据，侦查机关应及时返还持有人。

4. 受害者权益保护

   • 知情权：受害者有权知晓手机被扣押的理由、用途及期限。
     
   • 申诉权：若认为扣押行为违法或侵犯权益，可向侦查机关上级部门申诉，或通过检察机关法律监督程序维权。
     
   • 隐私保护：侦查机关需对手机内无关隐私信息严格保密，不得用于案件以外的目的。

总结：刑侦部门扣押受害者手机需严格遵循法定条件与程序，确保证据合法性与个人权益平衡。若您或他人涉及此类案件，对扣押程序有疑问或需进一步维权指导，可直接向我咨询具体法律问题。