药店执业药师连续两天不在岗，可能面临行政处罚，具体处罚措施需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从法律法规角度
   根据《药品经营质量管理规范》第一百二十八条规定，执业药师或其他药学技术人员不在岗时，应当挂牌告知，并停止销售处方药和甲类非处方药。若药店未遵守此规定，药品监督管理部门可依据《药品管理法》第一百二十六条，责令限期改正，给予警告；逾期不改正的，处十万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，责令停产停业整顿直至吊销药品经营许可证。
   若药师不在岗导致药店存在销售假药、劣药等严重违法行为，还可能涉及刑事责任，如生产、销售伪劣产品罪等。

2. 从地方性法规角度
   部分地区对药师在岗有更严格的规定。例如，某些省份要求药店必须保证执业药师在营业时间内在岗履职，否则将面临更高额度的罚款或停业整顿。具体处罚标准需参考当地药品监管部门发布的细则。

3. 从合同与内部管理角度
   若药师与药店签订的劳动合同中明确约定了在岗时间及违约责任，药店可依据合同追究药师的违约责任，如扣发工资、解除劳动合同等。同时，药店若因药师不在岗遭受行政处罚或经济损失，可向药师主张赔偿。

建议：药店应严格遵守法律法规，确保执业药师在岗履职；若药师因特殊情况需离岗，应提前安排其他药学技术人员代班，并悬挂明显标识告知消费者。若您遇到具体处罚或纠纷问题，可直接向我咨询，我会结合实际情况为您提供详细解答。