针对您提出的“门市户主死亡需要过户但有协议合同书，法律规定时间是否有效”的问题，我将从合同效力、房产过户流程以及相关注意事项三个方面为您详细解答。

一、合同效力问题

首先，关于合同效力，我国法律对于合同一方当事人死亡后合同效力问题并未作出明确且统一的规定。这通常需要根据合同的性质来区别对待：

1. 财产性质合同：如您提到的门市买卖合同，若属于财产性质合同，一方当事人（户主）死亡，合同效力并不当然终止。若死亡一方有继承人，且继承人愿意继承合同中的财产权利，则应继续履行合同义务；若继承人不愿意继承，则合同终止。

2. 人身依附性合同：若合同属于具有人身依附性的合同（如服务合同），则一方当事人死亡后，合同效力通常终止。

二、房产过户流程

针对门市户主死亡后的房产过户问题，以下是一般的过户流程：

1. 注销户籍与获取死亡证明：继承人需前往被继承人（即原户主）户籍所在地的公安机关，办理户籍注销手续，并获取死亡证明。这是后续所有继承手续的基础。

2. 明确继承人身份：根据被继承人生前是否立有合法有效的遗嘱来确定继承人。若存在遗嘱且遗嘱内容合法有效，则继承人将按照遗嘱中的指示确定；若不存在遗嘱或遗嘱无效，则按照法定继承顺序确定继承人。

3. 办理继承权公证：继承人需备齐相关材料，包括继承人身份证明、被继承人死亡证明、房产相关文件（如房产证、购房合同等）以及遗嘱（如适用）等，前往公证处办理继承权公证。公证处将对上述材料进行严格审查，并颁发继承权公证书。

4. 房屋过户登记：继承人携带公证书、身份证明及房产证等必要材料，前往房地产管理部门进行过户登记。房地产管理部门将对提交的材料进行全面审核，审核通过后，将颁发全新的房产证给继承人。

三、注意事项

1. 及时办理过户手续：在被继承人去世后，应及时启动过户程序，避免因延误而产生额外的费用或法律纠纷。同时，应关注各项手续的有效期限，确保在规定时间内完成。

2. 了解税收政策：过户过程中可能涉及契税、遗产税等税费以及一定的手续费。继承人应深入了解相关税收政策，合理规划税费缴纳，避免因税费问题影响过户进度。

3. 妥善保管证据材料：在办理过户手续期间，应妥善保管各类证据材料，包括继承权公证书、房产证等核心文件。这些不仅是完成过户的必备要件，也是应对未来可能出现争议时的有力证据。

4. 家庭成员间沟通协商：房产过户往往触及家庭成员间的经济利益，处理不当易引发家庭矛盾。因此，建议家庭成员之间保持开放、坦诚的沟通，通过协商妥善处理可能存在的争议与分歧。

综上所述，门市户主死亡后的房产过户问题既涉及合同效力问题，也涉及复杂的过户流程和注意事项。希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关机构。