结论：在发现员工有碰瓷仲裁的经历并考虑在入职时拒绝其入职时，需谨慎行事，确保决策合法合规，避免侵犯员工权益或引发不必要的法律纠纷。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、法律角度
平等就业原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国就业促进法》，劳动者享有平等就业和选择职业的权利，不因民族、种族、性别、宗教信仰等不同而受歧视。
- 建议：在拒绝员工入职时，必须确保决策不是基于上述受保护的特征，而是基于合法的、与工作相关的理由。
合法拒绝理由：
- 如果员工之前的碰瓷仲裁行为确实表明其可能存在不诚信或滥用法律程序的行为，且这种行为与拟聘岗位的要求直接相关（如需要高度诚信的财务岗位），则可以考虑拒绝其入职。
- 但需注意：必须确保有充分的证据支持这种判断，且这种判断与工作要求直接相关，否则可能构成就业歧视。
避免侵犯隐私：
- 在调查员工过往仲裁经历时，需确保不侵犯其隐私权。未经员工同意，不得擅自查询其个人仲裁记录或进行其他非法调查。
- 建议：如果确实需要了解员工过往的仲裁情况，可以在面试过程中或入职前通过合法途径（如要求员工自愿提供相关证明或声明）进行，但需确保这一要求合理且不侵犯员工隐私。
二、实际操作角度
完善招聘流程：
- 在招聘过程中，可以设置合理的背景调查环节，但需确保调查内容合法、合规，且不侵犯员工隐私。
- 建议：背景调查可以包括核实员工的学历、工作经历等基本信息，但对于仲裁经历等敏感信息，应谨慎处理，避免直接询问或要求提供相关证明。
明确入职条件：
- 在招聘公告或入职通知中，可以明确列出入职条件，包括但不限于学历、工作经验、诚信记录等。
- 但需注意：诚信记录等抽象条件需具体化，且需确保与工作要求直接相关，否则可能构成就业歧视。
谨慎决策：
- 在决定是否拒绝员工入职时，应综合考虑多种因素，包括员工的能力、经验、诚信记录以及岗位需求等。
- 建议：如果决定拒绝员工入职，应确保决策过程合法、合规，且能够提供充分的、与工作要求直接相关的理由。同时，应做好相关记录，以备不时之需。
三、风险防范角度
咨询专业意见：
- 在处理此类敏感问题时，建议咨询专业律师或人力资源专家的意见，以确保决策合法合规。
- 作为曹兴龙律师：我擅长处理劳动纠纷等法律问题，如果你在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。
建立风险防范机制：
- 企业可以建立完善的风险防范机制，包括制定合法的招聘政策、加强员工培训、建立诚信档案等，以降低类似风险的发生概率。
总结与进一步思考：在处理员工有碰瓷仲裁经历并考虑拒绝其入职的问题时，企业需确保决策合法合规，避免侵犯员工权益或引发不必要的法律纠纷。同时，企业也应加强风险防范意识，建立完善的风险防范机制，以降低类似风险的发生概率。如果你在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。