针对您提出的“员工孕期但是发现考勤造假怎么处理”的问题，这确实是一个涉及劳动法、公司规章制度以及员工诚信的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，孕期女职工在劳动法上享有特殊的保护，但这并不意味着她们可以违反公司的规章制度或进行不诚信的行为。对于考勤造假这一行为，无论员工是否处于孕期，都是不被允许的，因为它违反了基本的劳动纪律和职业道德。
一、处理原则
依法依规：在处理此类问题时，公司应首先依据国家法律法规和公司内部的规章制度来进行。确保处理过程合法合规，避免侵犯员工的合法权益。
公平公正：处理时应保持公平公正的态度，不因员工处于孕期而有所偏袒或歧视。考勤造假是严重违反规章制度的行为，应受到相应的处理。
审慎处理：考虑到孕期女职工的特殊情况，公司在处理时应更加审慎。在做出决定前，应充分调查核实情况，确保处理决定的准确性和合理性。
二、具体处理步骤
调查核实：公司应首先对员工的考勤记录进行详细调查，核实是否存在考勤造假的情况。这包括查看考勤系统记录、监控录像、同事证言等。
与员工沟通：在调查核实后，公司应与员工进行沟通，了解其考勤造假的原因和背景。如果员工确实存在特殊情况（如突发疾病、家庭紧急事务等），且能够提供合理证明，公司可以考虑给予一定的宽容和理解。但在此案例中，由于员工处于孕期，并不构成考勤造假的合理理由。
依据规章制度处理：如果员工确实存在考勤造假的行为，且无法提供合理证明，公司应依据内部的规章制度进行处理。这可能包括警告、罚款、降职降薪甚至解除劳动合同等。在处理时，公司应确保处理决定的合法性和合理性，避免过度处罚或侵犯员工权益。
考虑孕期因素：虽然孕期女职工享有特殊保护，但如果其严重违反公司规章制度，公司仍有权依法解除劳动合同。不过，在做出决定前，公司应充分考虑孕期女职工的实际情况和可能面临的困难，确保处理决定的公正性和人性化。
三、案例参考
区人民法院“女员工孕期被辞退案”：此案例中，法院认为公司以员工考勤不满8小时为由解除劳动合同缺乏依据且不合理，判决恢复劳动关系。但此案例的关键在于公司规章制度的合理性和执行情况，以及员工是否存在主观故意。与本案例不同的是，该案例中的员工并未被证实存在考勤造假行为。
诚信典型案例宣传：此案例中，劳动者因虚构事假理由并旷工多日被公司解除劳动合同，法院认定公司解除行为符合法律规定。此案例强调了劳动者应遵守诚信原则，严格遵照公司规章制度办理请假手续。这与本案例中的考勤造假行为具有相似性。
四、建议
完善规章制度：公司应进一步完善考勤管理制度，明确考勤造假的定义、处罚措施等，确保规章制度的合法性和合理性。
加强员工教育：公司应加强对员工的诚信教育和劳动纪律教育，提高员工的法律意识和职业道德水平。
建立监督机制：公司应建立有效的考勤监督机制，确保考勤记录的真实性和准确性。同时，对于发现的考勤造假行为，应及时进行处理并公示处理结果，以儆效尤。
综上所述，对于员工孕期考勤造假的问题，公司应依法依规、公平公正、审慎处理。在维护公司规章制度的同时，也要充分考虑孕期女职工的特殊情况，确保处理决定的合法性和合理性。