合同签了三年只做了一年，违约金是否按两年算需分情况讨论，具体如下：
- 合同中有明确约定：如果合同中明确规定了违约金的计算方式，比如“若乙方提前终止合同，需按剩余合同期限（X年）的XX%支付违约金”，那么违约金的计算应严格遵循合同约定。在这种情况下，如果合同剩余期限为两年，且合同中规定了按剩余期限的百分比计算违约金，那么违约金确实可能与这两年有关，但具体数额还需根据百分比来确定，而非直接按两年全额计算。
- 合同中没有明确约定：如果合同中没有明确规定违约金的计算方式，那么违约金的数额将由双方协商确定，或者由法院、仲裁机构根据实际情况进行裁决。在这种情况下，违约金的数额不会直接按剩余合同期限（如两年）来计算，而是会考虑多种因素，如违约方的过错程度、守约方的实际损失、合同履行情况等。
额外提醒：
- 违约金与赔偿损失的区别：违约金是合同双方事先约定的，一方违约时应向对方支付的一定数额的金钱。而赔偿损失则是一方违约后，对方因违约行为而遭受的实际损失，违约方应予以赔偿。在某些情况下，如果违约金低于实际损失，守约方还可以要求违约方赔偿损失。
- 违约金的调整：根据法律规定，如果约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
建议：
- 审查合同条款：首先，应仔细审查合同中关于违约金的条款，了解双方的权利和义务。
- 协商与调解：如果双方对违约金的数额有争议，可以尝试通过协商或调解来解决。
- 法律途径：如果协商和调解无果，可以考虑通过法律途径来解决争议，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
如有其他疑问，可以继续向我咨询。