结论：职务侵占案件中，若与厂里协商退赔不成，不能直接通过检察院退赔，但检察院在审查起诉阶段可能会介入调解或提出退赔建议，最终退赔通常需通过法院判决或双方和解实现。以下从法律程序、检察院角色、退赔途径等角度详细分析：
一、职务侵占案件的法律程序与退赔环节
刑事立案与侦查阶段
职务侵占属于刑事犯罪，需由公安机关立案侦查。若厂方已掌握证据（如侵占财物记录、证人证言等），可向公安机关报案。此时退赔属于民事赔偿范畴，但公安机关可能会建议双方协商或通过刑事附带民事诉讼解决。
检察院审查起诉阶段
案件移送检察院后，检察院会审查证据是否充分、是否构成犯罪。若证据不足，可能退回补充侦查或不起诉；若证据充分，将提起公诉。此阶段检察院不会直接处理退赔，但可能根据《刑事诉讼法》第176条，在起诉书中建议法院责令退赔，或通过调解促使双方达成和解。
法院审判阶段
若案件进入审判，法院会根据《刑法》第64条判决“追缴违法所得”或“责令退赔”。此时退赔具有强制执行力，若被告不履行，法院可强制执行（如查封财产、冻结账户等）。
二、检察院在退赔中的角色与可能性
调解与建议退赔
检察院在审查起诉时，若发现双方有和解意愿，可能依据《刑事诉讼法》第288条组织调解，促成退赔协议。但调解需双方自愿，且协议需经法院确认才具法律效力。
不起诉与退赔的关联
若职务侵占情节轻微（如数额较小、主动退赔、认罪认罚等），检察院可能依据《刑事诉讼法》第177条作出不起诉决定。此时退赔可能成为不起诉的条件之一，但需厂方同意并出具谅解书。
三、协商不成时的退赔途径
刑事附带民事诉讼
厂方可在刑事案件审理中提起附带民事诉讼，要求被告退赔损失。法院会合并审理刑事与民事部分，并一并判决退赔。
单独民事诉讼
若刑事案件未涉及退赔（如检察院未起诉或法院未判决退赔），厂方可单独提起民事诉讼，要求被告返还财物或赔偿损失。此时需提供侵占证据（如合同、转账记录等）。
执行阶段强制退赔
若法院判决退赔但被告拒不履行，厂方可申请法院强制执行。法院可查封、拍卖被告财产，或将其纳入失信被执行人名单。
四、实务建议
优先协商与调解
协商成本低、效率高，且可能避免刑事立案对被告的负面影响（如留案底）。建议厂方在报案前再次尝试协商，并留存书面记录（如聊天记录、录音等）。
及时固定证据
若协商无果，需尽快收集侵占证据（如财物清单、证人证言、监控录像等），并向公安机关报案。证据充分是后续退赔的关键。
关注退赔与量刑的关联
若案件进入刑事程序，被告主动退赔可能成为从轻处罚的情节（如缓刑、减轻处罚等）。厂方可利用这一点促使被告退赔。
总结：职务侵占案件中，退赔需通过刑事判决、民事诉讼或协商实现，检察院不会直接处理退赔，但可能介入调解或建议退赔。若协商不成，建议厂方及时报案并固定证据，通过法律程序维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。