船员未落实公司内部制度，海事部门一般不能直接因此对船员进行处罚，但具体情况需结合相关法律法规及公司制度内容来分析。以下从几个角度详细说明：

1. 海事部门的处罚权限与依据：

   • 海事部门主要负责海上交通安全、防止船舶污染等事务的监管，其处罚权限通常基于相关的海事法律、法规及规章，如《中华人民共和国海上交通安全法》、《中华人民共和国海洋环境保护法》等。
   • 若公司内部制度与海事安全、环保等直接相关，且该制度内容已被纳入海事法规或规章的范畴，那么船员未落实此类制度，海事部门在发现后，有权依据相关法规进行处罚。但这种情况较为特殊，需要具体制度内容与海事法规的紧密关联。

2. 公司内部制度的性质与效力：

   • 公司内部制度是公司为了规范员工行为、保障公司运营而制定的内部规则，其效力主要限于公司内部，对员工具有约束力。
   • 除非公司内部制度的内容与法律法规相冲突，或者被法律法规明确采纳为处罚依据，否则海事部门一般不会直接依据公司内部制度对船员进行处罚。

3. 船员未落实制度的可能后果：

   • 如果船员未落实的公司内部制度与海事安全、环保等无关，那么海事部门通常不会直接介入处罚。但公司可能会根据公司制度对船员进行内部处理，如警告、罚款、解雇等。
   • 如果船员未落实的制度与海事安全、环保等紧密相关，且该行为导致了海上交通事故或环境污染等严重后果，那么海事部门在调查清楚事实后，有权依据相关法律法规对船员进行处罚，同时公司也可能根据公司制度进行内部处理。

4. 建议与措施：

   • 对于船员而言，应严格遵守公司内部制度，特别是与海事安全、环保等相关的制度，以避免不必要的法律风险和公司内部处理。
   • 对于公司而言，应确保内部制度的合法性和合理性，避免与法律法规相冲突。同时，应加强对船员的培训和教育，提高船员的安全意识和环保意识。
   • 如果船员或公司认为海事部门的处罚存在不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

总结来说，船员未落实公司内部制度，海事部门一般不能直接处罚，但需根据具体情况判断制度内容与海事法规的关联性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。