针对船公司对船员的违规违纪行为能进行的处罚，以下是从法律角度进行的详细分析：

1. 行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国船员条例》的相关规定，船员若存在违规违纪行为，如未遵守值班规定擅自离开工作岗位等，海事管理机构有权对其进行行政处罚。具体处罚措施包括处以1000元以上1万元以下的罚款；情节严重的，还可给予暂扣船员服务簿、船员适任证书6个月以上2年以下，直至吊销船员服务簿、船员适任证书的处罚。

2. 公司内部处罚：

   • 除了海事管理机构的行政处罚外，船公司作为船员的用人单位，也有权根据公司内部规章制度对违规违纪的船员进行处罚。这些处罚可能包括但不限于警告、罚款、停职检查、解除劳动合同等。具体处罚措施需依据船公司的规章制度以及与船员签订的劳动合同来确定。

3. 处罚程序与注意事项：

   • 船公司在对船员进行处罚时，应确保处罚程序合法合规，遵循公平、公正、公开的原则。同时，船公司应充分听取船员的申辩意见，保障船员的合法权益。
   • 若船员对处罚决定不服，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

4. 法律建议：

   • 对于船公司而言，建立健全的内部规章制度和处罚机制至关重要。这有助于规范船员的行为，维护公司的正常运营秩序。
   • 对于船员而言，应严格遵守相关法律法规和公司规章制度，避免违规违纪行为的发生。若遇到处罚决定，应积极配合调查，并依法维护自己的合法权益。

综上所述，船公司对船员的违规违纪行为能进行的处罚包括行政处罚和公司内部处罚。在具体操作时，船公司应确保处罚程序合法合规，并充分保障船员的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。