针对海事罚款中因违规航行引发的处理问题，核心结论需结合违规性质、处罚依据及救济程序综合判断，具体处理方式如下：

1. 接受处罚并履行义务
   若违规航行行为已被海事管理机构查实（如超速、未按规定航线航行、未配备必要航行设备等），且处罚决定书已送达，当事人需在法定期限内（通常为15日）履行罚款缴纳义务。根据《中华人民共和国海上海事行政处罚规定》，逾期不缴纳的，每日按罚款数额的3%加处罚款，但加处罚款总额不超过罚款本金。
   示例：若因未开启AIS设备被罚款5万元，当事人需在15日内缴纳，否则可能面临额外1.5万元加处罚款。

2. 申请行政复议或提起行政诉讼
   若当事人认为处罚决定存在事实认定错误（如未违规却被处罚）、程序违法（如未告知听证权利）或适用法律错误（如错误引用法规条款），可依法申请行政复议或提起行政诉讼：

   • 行政复议：自知道处罚决定之日起60日内向上一级海事管理机构或同级人民政府申请，复议机关需在60日内作出决定；
     
   • 行政诉讼：自知道处罚决定之日起6个月内直接向有管辖权的海事法院起诉，法院将审查行政行为的合法性。
     关键点：复议或诉讼期间，处罚原则上不停止执行，但当事人可申请暂缓执行（需提供担保）。

3. 主动整改以减轻或免除处罚
   若违规行为未造成严重后果（如未引发事故、未污染环境），且当事人能主动纠正违法行为（如补办航行手续、修复设备），可依据《行政处罚法》第三十二条向海事管理机构申请从轻或减轻处罚。
   示例：因未携带航海日志被处罚，若当事人能立即提交电子版日志并承诺后续规范管理，可能被酌情减少罚款。

4. 特殊情形下的处理

   • 涉外船舶违规：若违规船舶为外国籍，海事管理机构可依据《国际海上避碰规则》及我国相关法律实施处罚，处罚决定需通过外交途径送达；
     
   • 刑事责任衔接：若违规航行导致重大事故（如碰撞、沉船），可能涉嫌交通肇事罪或危险作业罪，需移送司法机关追究刑事责任，此时行政处罚与刑事处罚可并处（罚款可折抵罚金）。

行动建议：若您或您的企业涉及违规航行处罚，建议优先核对处罚决定书的法律依据及事实认定，若存在争议，及时委托律师介入复议或诉讼程序；若无争议，需按时履行义务以避免额外损失。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。