结论：法院判定挂靠协议无效后，原则上不能再收取挂靠费，且已收取的挂靠费可能面临返还风险，同时还可能需承担其他法律责任。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同无效的法律后果
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，一旦挂靠协议被法院判定无效，该协议就如同从未存在过一样，对双方均不产生法律效力。因此，基于无效合同所收取的挂靠费，在法律上缺乏合法依据。
二、挂靠费的返还问题
返还原则：由于挂靠协议无效，已收取的挂靠费应当予以返还。这是因为，无效合同下的财产转移应当恢复原状，即返还因合同而取得的财产。
返还范围：返还的挂靠费应包括已收取的全部费用，除非存在特殊情况（如部分费用已用于实际支出且无法返还）。
返还方式：返还方式通常是通过金钱支付，即挂靠方将已收取的挂靠费退还给被挂靠方。
三、可能承担的其他法律责任
行政责任：挂靠行为往往违反了相关行政法规的规定，如建筑法、招投标法等。因此，除了返还挂靠费外，挂靠方和被挂靠方还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
民事赔偿责任：如果挂靠行为给第三方造成了损失，挂靠方和被挂靠方还可能需要承担民事赔偿责任。这种赔偿责任可能包括赔偿损失、恢复原状等。
四、特殊情况下的处理
部分有效条款：尽管挂靠协议整体无效，但协议中的某些条款（如争议解决条款）可能仍然有效。然而，这并不影响挂靠费返还和法律责任承担的整体原则。
善意第三人保护：如果存在善意第三人（如不知情的合作伙伴或客户），且其权益因挂靠行为而受到损害，法院在判决时可能会考虑保护善意第三人的利益。但这并不改变挂靠协议无效和挂靠费应返还的基本原则。
五、建议与风险提示
立即停止挂靠行为：一旦挂靠协议被判定无效，双方应立即停止挂靠行为，避免进一步扩大损失和法律风险。
协商处理返还事宜：双方应尽快协商处理已收取挂靠费的返还事宜，以避免不必要的法律纠纷和额外损失。
寻求法律帮助：如果双方无法就返还事宜达成一致，或者存在其他复杂的法律问题，建议及时寻求专业律师的法律帮助，以便更好地维护自身权益。
总结来说，法院判定挂靠协议无效后，挂靠费原则上应予以返还，且双方还可能面临行政处罚和民事赔偿责任等法律风险。因此，建议双方在处理此类问题时务必谨慎行事，并寻求专业法律帮助以确保自身权益得到妥善维护。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。