关于店铺出租签订合同时甲方是否需要填写两份合同的问题，结论如下：

1. 合同份数的基本原则
   根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，包括合同份数。实践中，租赁合同通常一式两份，甲乙双方各执一份，以保障双方权益。若甲方要求填写两份合同，需明确其目的：

   • 若为双方各持一份：属于常规操作，符合法律要求，建议双方签字盖章后各自留存。
     
   • 若甲方要求两份均由其保管：需警惕风险，可能涉及单方修改合同内容或拒绝交付乙方副本，此时应拒绝并要求按“一式两份、双方各执一份”的标准签订。

2. 合同份数的法律意义

   • 证据效力：双方持有的合同文本是证明租赁关系、权利义务的核心证据。若仅一方持有合同，发生纠纷时可能因无法提供原件而处于不利地位。
     
   • 修改风险：若甲方保管两份合同，可能擅自修改条款（如租金、期限等），乙方难以举证反驳。
     
   • 履行依据：合同是双方履行义务的依据（如支付租金、维修义务），缺失副本可能导致履行争议。

3. 特殊情况处理

   • 多份合同内容一致：若甲方因管理需要（如备案、财务存档）要求额外副本，可协商签订三份或更多，但需确保所有副本内容完全一致，并由双方签字盖章。
     
   • 多份合同内容冲突：若甲方提供不同版本的合同（如一份约定租金5000元/月，另一份约定6000元/月），属于“阴阳合同”，可能被认定为无效或按实际履行情况判决，此时应拒绝签订并要求统一条款。

4. 实务建议

   • 明确份数与持有方：在合同中注明“本合同一式两份，甲乙双方各执一份”，避免口头约定。
     
   • 签字盖章同步：双方应在所有副本上同时签字盖章，防止甲方事后补签或篡改。
     
   • 留存证据：签订后可通过拍照、扫描等方式保存合同电子版，并要求甲方出具收到副本的书面确认。
     

总结：甲方无需填写两份完全独立的合同，但可协商签订多份内容一致的副本并各自留存。若甲方坚持由其保管所有合同，可能存在法律风险，建议拒绝并坚持“一式两份、双方各执一份”的标准。如有进一步疑问，可直接向我咨询合同纠纷相关问题。