公司采用阴阳工资发放方式是违法的。以下是对这一问题的详细分析：
法律背景
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 工资支付记录应当真实、准确，反映劳动者的实际收入情况。
阴阳工资的定义与违法性：
- 阴阳工资，通常指的是用人单位在支付工资时，一部分通过银行转账等正规渠道支付，并体现在工资条上；另一部分则通过现金、微信转账等非正规渠道支付，且这部分工资不体现在工资条或劳动合同上。
- 这种做法不仅违反了工资支付的真实性和准确性原则，还可能涉及偷税漏税、逃避社会保险缴费等违法行为。
法律后果
对劳动者的权益损害：
- 阴阳工资导致劳动者的实际收入与工资条或劳动合同上的记载不符，损害了劳动者的知情权。
- 在发生劳动争议时，劳动者可能因无法提供完整的工资支付记录而面临举证困难。
- 长期来看，阴阳工资还可能影响劳动者的社会保险缴费基数、经济补偿金计算等权益。
对用人单位的法律责任：
- 用人单位若采用阴阳工资发放方式，可能面临劳动行政部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 在劳动争议中，用人单位可能因无法提供合法的工资支付记录而承担不利后果。
- 若阴阳工资涉及偷税漏税等违法行为，用人单位还可能面临税务部门的处罚。
法律建议
对劳动者的建议：
- 劳动者应保留好所有与工资支付相关的证据，包括工资条、银行转账记录、微信转账记录等。
- 在发现用人单位采用阴阳工资发放方式时，应及时向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。
对用人单位的建议：
- 用人单位应严格遵守工资支付规定，确保工资支付的真实性和准确性。
- 避免采用阴阳工资等违法方式支付工资，以免面临法律风险和声誉损害。
举例说明：假设某公司每月通过银行转账支付员工工资5000元，并体现在工资条上；但同时要求员工签署一份“自愿放弃部分工资”的协议，并额外以现金形式支付2000元作为“奖金”。这种做法就构成了阴阳工资发放，是违法的。员工有权要求公司按照实际收入支付工资，并可以向劳动行政部门投诉公司的违法行为。
综上所述，公司采用阴阳工资发放方式是违法的，不仅损害了劳动者的权益，也可能使用人单位面临法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。