公司阴阳工资制度不合法。以下是对此问题的详细分析：

阴阳工资制度的定义与违法性

阴阳工资制度，通常指的是公司为了规避税收、社保等法定义务，或者为了其他不正当目的，而采取的一种工资支付方式。具体表现为，公司向员工实际支付的工资（即“阴工资”）与劳动合同、工资条等书面文件上记录的工资（即“阳工资”）不一致，且“阴工资”往往高于“阳工资”。这种制度不仅违反了《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，也损害了员工的合法权益。

违法性的具体表现

1. 违反劳动合同约定：根据《劳动合同法》的规定，劳动合同应当明确约定工资标准、支付方式等关键条款。阴阳工资制度下，公司实际支付的工资与劳动合同约定的工资不一致，这明显违反了劳动合同的约定。

2. 损害员工权益：阴阳工资制度往往导致员工在社保、公积金等福利待遇方面受到损失。因为公司可能按照较低的“阳工资”来缴纳社保和公积金，而员工实际获得的“阴工资”则无法得到相应的保障。此外，这种制度还可能影响员工的工龄计算、加班费计算等权益。

3. 逃避税收和社保义务：公司通过阴阳工资制度，可能试图逃避税收和社保等法定义务。这种行为不仅损害了国家的利益，也破坏了市场的公平竞争环境。

法律后果与应对建议

1. 法律后果：如果公司被查实存在阴阳工资制度，将面临严重的法律后果。包括但不限于补缴社保、公积金等费用，支付员工因工资差异而产生的损失赔偿，以及可能面临的行政处罚和刑事责任。

2. 应对建议：

   • 员工方面：如果员工发现自己所在的公司存在阴阳工资制度，应当及时向公司提出异议，并要求公司按照实际支付的工资标准来签订或修改劳动合同。如果公司拒绝改正，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 公司方面：公司应当严格遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和透明性。如果公司确实需要调整工资标准或支付方式，应当与员工进行充分沟通，并签订书面协议来明确双方的权利和义务。

实际案例与启示

在实际操作中，已经有多起因阴阳工资制度而引发的劳动纠纷案件。这些案件往往以员工胜诉告终，公司不仅需要支付员工因工资差异而产生的损失赔偿，还可能面临行政处罚和声誉损失。因此，公司应当引以为戒，严格遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和透明性。

综上所述，公司阴阳工资制度是不合法的。如果你发现自己所在的公司存在这种制度，或者有任何关于工资支付方面的疑问和纠纷，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律建议和帮助。