公司辞退员工时，赔偿金的计算基数通常是按照应发工资来确定的，而非实发工资。以下是对这一问题的详细解释：

一、法律依据与解释

根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，经济补偿金的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的“平均工资”指的是应发工资，即劳动者在正常工作时间内应得的全部工资收入，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，但通常不包括加班费（除非当地有特别规定将加班费计入经济补偿金计算基数）。实发工资则是劳动者实际收到的工资，已经扣除了社保、公积金、个人所得税等费用。

二、赔偿金计算的具体方式

1. 经济补偿金的计算：

   • 经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
   • 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且按照应发工资计算。

2. 赔偿金的计算（当公司违法解除劳动合同时）：

   • 如果公司违法解除劳动合同，劳动者有权要求公司支付赔偿金。
   • 赔偿金的标准是经济补偿金的两倍。
   • 因此，赔偿金的计算基数同样是按照应发工资来确定的经济补偿金的两倍。

三、特殊情况与注意事项

1. 高收入劳动者：

   • 对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，其经济补偿金的计算基数有特别规定。
   • 向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

2. 加班费是否计入：

   • 一般情况下，加班费不计入经济补偿金的计算基数。
   • 但如果当地有特别规定，如将加班费也纳入平均工资的计算范围，则需按照当地规定执行。

3. 社保、公积金等扣除：

   • 在计算经济补偿金时，不需要考虑社保、公积金等个人缴纳部分的扣除。
   • 经济补偿金是基于劳动者应得的工资收入来计算的，而不是实际收到的工资。

四、实际案例与操作建议

• 实际案例：假设某员工在公司工作了5年，月应发工资为10000元（包括基本工资、奖金等），实发工资为8000元（扣除社保、公积金等后）。如果公司合法解除劳动合同，应支付的经济补偿金为5个月×10000元/月=50000元。如果公司违法解除劳动合同，则应支付的赔偿金为50000元×2=100000元。

• 操作建议：作为劳动者，在面临公司辞退时，应了解自己的权益和赔偿金的计算方式。如果公司提出的赔偿金额与法律规定不符，可以与公司协商或寻求法律援助。同时，保留好相关证据，如工资条、劳动合同等，以便在需要时维护自己的合法权益。

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