结论前置：公司辞退员工时，工资发放应确保正常工作期间的实发工资按时足额支付；而涉及经济补偿金等赔偿计算时，则应以应发工资为基数。

正常工作期间的工资支付

根据《劳动合同法》及相关法律法规，员工被单位辞退时，单位应在解除劳动关系后的法定支付周期内，按时足额支付员工在被辞退前按照劳动合同约定的工资标准和工作天数应获得的工资，即实发工资。这是为了确保劳动关系的真正解除，并避免后续纠纷。实发工资是员工实际到手的工资，已经扣除了社保、公积金个人部分及个人所得税等。

经济补偿金的计算基础

若因公司原因违法辞退员工，员工除可获得正常工资外，还有权获得经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常为员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

关于经济补偿金中月工资的计算基础，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确规定，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。这是因为应发工资更能全面、真实地反映劳动者的劳动价值和收入水平。如果以实发工资作为计算基数，会因扣除项目导致金额低于劳动者实际劳动所得，从而对劳动者权益造成损害。

计算公式：

经济补偿金 = 工作年限 × 月应发工资

其中，月应发工资为劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

实际操作建议

1. 明确约定：为避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式。
2. 及时足额支付：用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
3. 维权途径：如果单位未按时足额支付，员工有权向劳动监察大队投诉维权。

案例分析

以员工小张为例，假设其月应发工资为8000元，扣除社保、公积金个人部分及个人所得税后实发工资为6500元。若公司违法辞退小张，需支付经济赔偿金时，应以8000元作为计算基数，而不是6500元。这样做既符合法律法规的规定，也更能体现对劳动者合法权益的保护。

综上所述，公司辞退员工时，应确保正常工作期间的实发工资按时足额支付，而涉及经济补偿金等赔偿计算时，则应以应发工资为基数。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。