公司因接受违规发票造成损失，适用的案由主要取决于具体法律关系和损失发生的原因，常见案由包括“买卖合同纠纷”“损害公司利益责任纠纷”或“票据纠纷”等。以下结合不同场景展开分析：
1. 若因供应商提供违规发票导致公司损失（如无法抵扣税款、被税务机关处罚），案由通常为“买卖合同纠纷”
根据《民法典》第五百九十九条，出卖人（供应商）有义务按照约定交付标的物并转移所有权，同时需提供与标的物相关的单证和资料（包括合法有效的发票）。若供应商提供的发票不符合税法规定（如虚开发票、伪造发票等），导致公司无法正常抵扣税款或被税务机关追缴税款、罚款，公司可依据买卖合同关系，以“买卖合同纠纷”为案由起诉供应商，要求其承担违约责任（如赔偿税款损失、罚款损失等）。
关键点：需证明供应商提供的发票违规与损失之间的因果关系（如税务机关的处罚决定书、无法抵扣的税款金额等）。
2. 若公司内部人员（如财务、采购）故意接受违规发票导致公司损失，案由可能为“损害公司利益责任纠纷”
根据《公司法》第一百四十九条，董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或公司章程，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。若公司内部人员明知发票违规仍接受，导致公司损失（如被税务机关处罚、无法抵扣税款等），公司可依据《公司法》以“损害公司利益责任纠纷”为案由起诉相关责任人，要求其赔偿损失。
关键点：需证明内部人员存在故意或重大过失（如明知发票违规仍接受），且损失与行为之间存在直接因果关系。
3. 若因发票本身存在瑕疵（如格式不符、信息错误）导致公司损失，案由可能为“票据纠纷”
根据《票据法》及相关规定，发票虽不属于典型票据，但若因发票的格式、信息等不符合税法或合同约定，导致公司无法正常使用（如无法报销、无法抵扣税款），公司可依据合同关系或票据相关规则，以“票据纠纷”或“合同纠纷”为案由起诉对方，要求其承担责任。
关键点：需区分发票的“违规性”（如虚开、伪造）与“瑕疵性”（如格式错误、信息不全），前者通常涉及行政或刑事责任，后者更多涉及民事赔偿。
补充建议
如有具体案件细节（如发票类型、损失金额、责任主体等），可进一步向我说明，我会结合实际情况为你分析更精准的案由和诉讼策略。