单位执勤用房收取租金是否合理，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、房屋产权与用途
产权归属：
- 如果执勤用房属于单位自有产权，且单位有权决定其使用方式和收益分配，那么收取租金在法律上是可行的。但需注意，单位在收取租金时，应确保租金标准合理，不得违反相关法律法规关于租金上限的规定（如有）。
- 如果执勤用房并非单位自有产权，而是租赁、借用或属于公共设施等，那么单位在未经产权人同意的情况下，无权擅自收取租金。
房屋用途：
- 执勤用房通常用于单位执行公务、值班等，属于工作用途。如果单位将执勤用房用于非工作用途（如出租给第三方作为商业用途），则可能涉及改变房屋用途的问题，需要遵守相关法律法规和规划要求。
- 在改变房屋用途的情况下，单位收取租金可能面临法律风险，因为这可能违反了房屋使用的初衷和相关规定。
二、合同关系与法律规定
合同关系：
- 如果单位与使用执勤用房的人员或单位之间存在租赁合同关系，且合同中明确约定了租金标准、支付方式等条款，那么收取租金是合法的。
- 如果没有合同关系或合同中未约定租金，单位擅自收取租金可能构成违约或侵权行为。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，房屋租赁应当遵循自愿、公平、等价有偿的原则。单位在收取租金时，应确保租金标准符合市场行情，不得利用优势地位或垄断地位收取过高租金。
- 同时，单位应遵守相关税收法律法规，依法缴纳因收取租金而产生的税费。
三、实际操作与建议
明确产权与用途：
- 单位在收取租金前，应首先明确执勤用房的产权归属和用途，确保自己有权收取租金且房屋用途符合规定。
签订租赁合同：
- 如果单位决定将执勤用房出租给第三方使用，应签订书面租赁合同，明确租金标准、支付方式、租赁期限等条款，以保障双方权益。
遵守法律法规：
- 单位在收取租金过程中，应遵守相关法律法规和税收政策，确保租金标准合理、税费缴纳及时。
咨询专业意见：
- 如果单位对收取租金的合法性或合理性存在疑问，建议咨询专业律师或相关部门的意见，以避免法律风险。
总结来说，单位执勤用房收取租金是否合理，需根据房屋产权、用途、合同关系以及相关法律法规进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。