结论：员工病假超过三个月是否还有年终奖，这主要取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定，不能一概而论。以下从几个方面进行详细分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 公司自主权：年终奖的发放通常属于公司的自主经营权范畴，公司可以根据自身的经营状况、员工表现等因素来决定是否发放年终奖以及发放的标准。因此，如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了病假超过一定期限（如三个月）的员工不享受年终奖，那么公司有权依据这些规定不发放年终奖。
   • 合同与制度的一致性：然而，公司的规章制度和劳动合同必须合法合规，且不得违反法律法规的强制性规定。如果规章制度或劳动合同中的相关条款存在违法或不合理之处，员工有权提出异议，并可能通过法律途径维护自己的权益。

2. 相关法律法规的规定：

   • 劳动法保护：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，员工享有获得劳动报酬的权利，包括基本工资和可能的奖金等。但是，这些法律法规并没有明确规定年终奖的发放标准和条件，而是将这部分权利交给了公司和员工通过协商或合同约定来确定。
   • 公平合理原则：尽管法律法规没有具体规定年终奖的发放，但公司在制定规章制度和劳动合同时，应当遵循公平合理的原则，不得无故剥夺员工的合法权益。如果公司因为员工病假超过三个月就完全剥夺其年终奖，而这一规定在员工入职时并未明确告知或员工对此存在异议，那么这种做法可能缺乏合理性。

3. 实际操作中的建议：

   • 查阅合同与制度：员工首先应当查阅自己的劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于年终奖发放的具体规定。
   • 与公司沟通：如果合同或制度中没有明确规定，或者员工对规定存在异议，可以尝试与公司进行沟通，了解公司不发放年终奖的具体原因和依据。
   • 寻求法律援助：如果沟通无果，且员工认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。

举例说明：假设某公司的规章制度中明确规定，员工病假超过三个月将不享受当年的年终奖。而员工小张因病请假了四个月，那么根据公司的规定，小张可能无法获得当年的年终奖。但是，如果小张在入职时并未被告知这一规定，或者他认为这一规定不合理且违反了相关法律法规，他可以通过与公司沟通或寻求法律援助来维护自己的权益。

进一步思考：在处理此类问题时，员工应当保留好相关的证据材料，如劳动合同、公司规章制度、病假证明等，以便在需要时提供证明。同时，员工也应当了解自己的权益和义务，积极与公司进行沟通协商，以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。