结论：公司用现金补发扣欠薪资，在符合一定条件下是合法的，但也存在需要注意的合规风险点。以下从合法性条件、潜在风险及建议三个角度进行详细分析：
一、合法性条件
双方协商一致：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立和履行劳动合同。若公司因经营困难等原因暂时无法按时足额支付工资，与劳动者协商一致后，以现金形式补发扣欠薪资，且不违反法律法规的强制性规定，这种做法是合法的。
确保工资支付的真实性和完整性：
- 公司用现金补发工资时，必须确保工资支付的真实性和完整性，即实际支付的金额应与应支付的工资数额一致，且不得以任何理由克扣或无故拖欠。同时，公司应保留好工资支付的凭证，如工资条、收据等，以备查验。
遵守税收和社保缴纳规定：
- 现金支付工资并不免除公司依法为劳动者缴纳社会保险费和代扣代缴个人所得税的义务。公司必须按照国家规定，为劳动者缴纳社会保险费，并代扣代缴个人所得税，确保税收和社保缴纳的合规性。
二、潜在风险
缺乏书面证据：
- 现金支付工资可能缺乏书面证据，如银行转账记录等，这在未来可能引发劳动争议时，对劳动者和公司都不利。因此，建议公司在现金支付工资时，要求劳动者签署收据或确认书，明确支付金额、支付时间等关键信息。
可能涉及偷逃税款：
- 如果公司未依法为劳动者代扣代缴个人所得税，或者通过现金支付工资的方式隐瞒收入，可能涉及偷逃税款等违法行为。这不仅会对公司造成法律风险，还可能对劳动者的个人信用产生不良影响。
难以证明工资支付情况：
- 在劳动争议仲裁或诉讼中，如果公司无法提供充分的证据证明已经支付了工资，可能会承担不利后果。因此，公司应尽可能采用银行转账等可追溯的支付方式，以降低法律风险。
三、建议
优先采用银行转账等可追溯支付方式：
- 为了降低法律风险，建议公司优先采用银行转账等可追溯的支付方式支付工资。这不仅可以确保工资支付的透明度和可追溯性，还可以方便公司进行财务管理和税务申报。
完善工资支付制度：
- 公司应建立完善的工资支付制度，明确工资支付的时间、方式、金额等关键信息，并确保制度的执行和监督。同时，公司应定期对工资支付情况进行自查和审计，及时发现和纠正存在的问题。
加强与劳动者的沟通：
- 在涉及工资支付等敏感问题时，公司应加强与劳动者的沟通，确保双方对工资支付情况有清晰的认识和了解。如果公司因经营困难等原因暂时无法按时足额支付工资，应及时与劳动者协商并达成一致意见，避免引发劳动争议。
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