结论：在交通银行信用卡逾期债权转让给第三方，且您已与第三方结清债务的情况下，开结清证明应当向第三方机构申请。

详细分析：

1. 债权转让的法律效果：

   • 当交通银行将您的逾期信用卡债权转让给第三方时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，债权转让自通知债务人时起对债务人发生效力。这意味着，一旦债权转让通知到达您，您就应当向新的债权人（即第三方机构）履行债务。

2. 结清证明的开具主体：

   • 既然您已经与第三方机构结清了债务，那么结清证明应当由实际持有债权并接受您还款的第三方机构开具。这是因为结清证明是证明您已经履行完毕债务的法律文件，只有实际收到还款的债权人才有资格出具。

3. 申请结清证明的流程：

   • 您应当联系第三方机构，说明您已经结清了债务，并请求其出具结清证明。通常，第三方机构会要求您提供一些证明材料，如还款记录、转账凭证等，以确认您确实已经履行了还款义务。
   • 在提供完所需材料后，第三方机构会审核并出具结清证明。这个过程可能需要一些时间，具体取决于第三方机构的工作效率和流程。

4. 注意事项：

   • 在申请结清证明时，请确保您提供的所有信息都是准确无误的，以避免因信息错误导致的延误或纠纷。
   • 如果您在申请结清证明过程中遇到任何问题或困难，如第三方机构拒绝出具结清证明或拖延时间等，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：

• 在与第三方机构沟通时，保持礼貌和耐心，明确表达您的需求和期望。
• 如果可能的话，尽量以书面形式（如邮件、短信等）与第三方机构沟通，以便留下证据，便于后续维权。
• 如果您对债权转让或结清证明的相关法律问题有任何疑问或不确定之处，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和建议。