结论：员工因不愿借调部门而主动辞职，是否有经济补偿需结合具体情况分析。若用人单位借调行为合理合法，员工通常无法获得经济补偿；但若借调存在违法或不合理之处，导致员工被迫辞职，则员工有权要求经济补偿。
一、无经济补偿的情况
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者主动向用人单位提出解除劳动合同并辞职的，一般情况下用人单位无需支付经济补偿。特别是当用人单位的借调行为符合以下条件时，员工因个人原因不愿接受而辞职，将无法获得经济补偿：
- 借调基于生产经营需要：用人单位因业务调整或项目需求，需要员工借调至其他部门，且该借调行为是出于生产经营的合理需要。
- 借调后工资待遇不降低：借调后，员工的工资、福利等劳动待遇保持不变或有所提升，没有因借调而遭受经济损失。
- 工作地点没有显著不便：借调后的工作地点与原工作地点相比，没有给员工带来显著的不便或额外负担。
- 借调不具有侮辱性和惩罚性：借调行为没有对员工进行侮辱或惩罚，而是基于工作需要的正常安排。
二、可获得经济补偿的情况
然而，若用人单位的借调行为存在以下违法或不合理之处，导致员工主动辞职，则用人单位需支付经济补偿：
未协商一致强行借调：
- 依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者应协商一致变更劳动合同内容，并采用书面形式。未经协商擅自借调，员工可以此为由解除劳动合同并要求经济补偿。
借调具有明显不合理性：
- 如借调行为具有侮辱性、惩罚性，或大幅降低劳动报酬、改变工作性质等，可被视为用人单位变相逼迫劳动者辞职。员工因此主动辞职，有权要求经济补偿。
规章制度违反法律规定：
- 若用人单位的借调依据是违法的规章制度（如随意调整员工岗位且违反劳动法规），员工可以此为由解除劳动合同并获得经济补偿。
其他违法行为：
- 用人单位以暴力、威胁或非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动；
- 用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全；
- 单位拒不支付加班费、未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等。
在这些情况下，员工不仅可以立即解除劳动合同（部分情况不需事先告知用人单位），还有权要求用人单位支付经济补偿。
三、经济补偿的标准
经济补偿的标准按劳动者在本单位工作的年限计算：
- 每满一年支付一个月工资的经济补偿；
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；
- 不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
其中，月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
四、争议解决途径
如果员工与用人单位就借调及补偿问题产生争议，可以通过以下途径维护自己的合法权益：
- 与单位协商解决：首先尝试与用人单位进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：作为最后的解决手段，员工可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
建议：在实际操作中，员工应仔细审查自己的劳动合同，了解其中关于借调的条款和规定。如果遇到纠纷或争议，建议保存好相关证据（如劳动合同、工资单、借调通知等），并及时向我咨询，以确保自身权益得到有效保障。