员工因偷拿公司餐厅食物申请离职时，工资计算需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若公司未因此解除劳动合同，员工主动离职
   根据《劳动合同法》第三十七条，员工提前30日书面通知离职的，公司应在离职时一次性结清工资，不得克扣。工资计算方式为：

   • 正常出勤工资：按实际出勤天数计算基本工资、绩效等应发部分；
     
   • 扣除项：仅限法定扣除（如社保、个税、法院判决代扣等），偷拿食物行为本身不构成工资扣除的合法理由，即使公司规章制度规定“盗窃扣工资”，也可能因违反《工资支付暂行规定》第十六条（“扣除部分不得超过当月工资20%”）而被认定无效。
     

2. 若公司因偷拿行为解除劳动合同
   公司需证明员工行为符合《劳动合同法》第三十九条规定的“严重违反规章制度”或“被依法追究刑事责任”：

   • 若公司规章制度明确“偷拿食物属于严重违纪”：公司可合法解除合同，但仍需结清离职前工资（计算方式同上），且无需支付经济补偿；
     
   • 若规章制度未明确或程序违法：公司解除可能被认定为违法，员工可要求继续履行合同或索赔2N倍经济补偿（N为工作年限），同时工资仍需结清。
     

3. 特殊情形：偷拿行为涉及刑事/治安处罚
   若员工因偷拿食物被公安机关行政拘留或追究刑事责任，公司可依据《劳动合同法》第三十九条解除合同，工资计算同上，但需注意：

   • 行政拘留期间未提供劳动的，公司可不支付工资；
     
   • 若被刑事拘留后无罪释放，公司需补发拘留期间工资。
     

建议：

• 对员工：保留离职证明、工资条等证据，若公司克扣工资，可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
  
• 对公司：完善规章制度（明确“偷拿食物”的处罚标准），解除合同时需履行工会程序、留存证据（如监控、员工签字确认的违纪材料）。
  

如有具体细节（如公司规章制度内容、偷拿食物的价值等），可进一步向我说明，我会为您分析法律风险。