针对您提出的“二手房过户已超过五年零九个月现在发起纠纷法院通常怎么处理”这一问题，核心在于明确纠纷类型及法律适用，以下分情况为您详细说明：

1. 若纠纷涉及房屋质量或合同履行瑕疵（如隐瞒房屋重大缺陷）
   根据《民法典》第621条，买受人若在“发现或应当发现瑕疵”后合理期限内未通知出卖人，通常视为质量符合约定。但若出卖人故意隐瞒重大质量问题（如主体结构缺陷），即使超过5年，法院仍可能支持买受人主张修复、赔偿或解除合同。关键点：需证明出卖人存在主观恶意，且瑕疵直接影响房屋安全或使用功能。

2. 若纠纷为产权争议（如一房多卖、冒名过户）
   产权纠纷不受诉讼时效限制（《民法典》第196条），法院会通过审查过户手续合法性、实际占有情况等判定产权归属。例如：若原房主通过伪造材料过户，即使已过5年，真权利人仍可主张撤销登记；若买受人已合法取得产权证且无过错，法院会优先保护其权益。

3. 若纠纷为税费或费用承担争议
   若合同明确约定税费由某方承担，但一方未履行，另一方可在知道或应当知道权利受损之日起3年内起诉（《民法典》第188条）。若已过3年诉讼时效，法院可能驳回诉求，但若存在持续履行行为（如部分支付），时效可能重新计算。

4. 若纠纷为相邻权侵害（如漏水、采光遮挡）
   相邻权纠纷属物权保护范畴，不受诉讼时效限制。法院会依据《民法典》第288-296条，结合现场勘验、鉴定报告等判定侵权责任，要求侵权方停止侵害、赔偿损失。

建议行动：

• 立即收集证据（合同、过户材料、沟通记录、损失证明等）；
  
• 明确纠纷类型及诉求（如赔偿金额、合同解除等）；
  
• 尽快向法院起诉，避免因时效问题丧失权利。
  

如有进一步细节（如具体纠纷类型、证据情况），可直接向我咨询，我会结合具体案情为您分析。